Hüpnopoomilised hallutsinatsioonid, mille puhul inimene tajub ärgates visuaalseid või kuulmisillusioone, on üldiselt tingitud otsmikusagara funktsioonihäiretest. Nähtus, mida sageli nimetatakse une inertsi ilminguks, ilmneb siis, kui aju ei suuda kiiresti kohandada inimese unenägude seisundit ärkvelolekuks. Tänu sellele võivad unenägudest pärit pildid ja helid kanduda üle inimese teadlikku taju. Unetus on kindlaks tehtud seda tüüpi hallutsinatsioonidega seotud vaimse funktsiooni kahjustuse peamise põhjusena, kuigi muud võimalikud põhjused hõlmavad uimastite kuritarvitamist, depressiooni ja füsioloogilisi häireid.
Unetuse all kannatavad inimesed kogevad kõige tõenäolisemalt hüpnopompilisi hallutsinatsioone. Unepuudus võib vaimset funktsiooni tõsiselt aeglustada, mille tulemuseks on otsmikusagara võimetus eristada erksaid unenägusid tegelikkusest. Lisaks kannatavad unetusehaiged sageli mikrounenägude, äärmiselt lühikeste soovimatute uneperioodide all. Kiire magamaminek võib koheselt sukelduda kiire silmade liikumise (REM) unne, mis on unenägudega kõige enam seotud. Mikromagav inimene ärkab tavaliselt mitu sekundit pärast seisundisse jõudmist, kiirendades une ja teadvuse faaside vahel liiga kiiresti, et aju saaks seda töödelda.
Teatud ravimite kasutamine võib samuti kaasa aidata ajutegevuse aeglustumisele. See ilmneb kõige paremini rahustite, näiteks diasepaami puhul. Raskete rahustavate ravimite all kannatajad teatavad tavaliselt loidust vaimsest funktsioonist, mis omakorda võib unest ärkamisel põhjustada hallutsinatsioone. Hallutsinogeensed ravimid nagu oopium seevastu aitavad kaasa nende illusioonide tekkele, vähendades kasutaja võimet fantaasiat tegelikkusest eristada. Võimalik, et see toime kandub edasi ka pärast ravimi toime möödumist.
Vaimsed häired, mis hõlmavad teatud vaimsete protsesside seiskumist, võivad pärast ärkamist avaldada hallutsinogeenset mõju. Depressiivsed häired, nagu suur depressiivne häire (MDD) ja hooajaline afektiivne häire (SAD), on hüpnopompiliste hallutsinatsioonide võimalikud põhjused. Neid seisundeid seostatakse sageli unetuse ja vaimse teravuse kadumisega, mis on kaks peamist unega seotud hallutsinatsiooni soodustavat tegurit.
MDD puhul on suur võimalus, et hallutsinatsioonid võivad tuleneda aju bioloogilistest probleemidest. See häire võib olla tingitud näiteks füsioloogilisest võimetusest toota või säilitada piisavat serotoniini taset. See põhjustab otsmikusagara aktiivsuse halvenemist ja sellest tulenevalt hallutsinatsioone. Mõnel inimesel võib otsmikusagara funktsioon olla füüsilise kahjustuse või kaasasündinud häirete tõttu nõrgenenud, mistõttu nad kogevad ärgates hüpnopompilisi hallutsinatsioone.