Hüpnagoogilistel hallutsinatsioonidel võib olla mitu põhjust, sealhulgas uimastisõltuvuse kõrvaltoimed, erinevate toksiliste ainete allaneelamine või sissehingamine ning mõnikord ka retsepti- või käsimüügiravimid. Kõige sagedamini kogevad neid hallutsinatsioone inimesed, kes on minevikus või praegu erinevate unehäirete ohvrid või kellel on psühholoogilised probleemid. Unehalvatus võib olla ka hüpnagoogiliste hallutsinatsioonide põhjuseks, mis võivad ilmneda samaaegselt või eraldi. Unehalvatus on seisund, kus mõistus ärkab, takistades inimesel vajumast piisavalt sügavasse unne, et unenägusid näha.
Hüpnagoogilisteks hallutsinatsioonideks nimetatakse hallutsinatsioone, mis tekivad vahetult enne uinumist või vahetult enne ärkamist. Neid võib pidada probleemideks, mida inimesed tunnevad või kogevad magamise ja ärkamise vahel. Nende hulka kuuluvad erksad aistingud, keha tõmblemine äkiliseks ärkamiseks, suurte või ükskõiksete piltide nägemine, mis tunduvad ebareaalsed, ja häälte kuulmine vahetult enne uinumist. Need hallutsinatsioonid esinevad sagedamini noortel inimestel, eriti lastel, ja võivad põhjustada tõsiseid probleeme, kui need püsivad pikka aega, mistõttu tuleks planeerida konsultatsioon arstiga.
Nagu paljude muude vaimsete probleemide puhul, võib ka uimastisõltuvus neid hallutsinatsioone põhjustada. Sellesse jaotisesse kuuluvad ka retseptiravimid, samuti mürgiste ainete allaneelamine või sissehingamine, kuna need kõik põhjustavad muutusi ajus ja selle toimimises. Ajus kasutatavad kemikaalid muudetakse sellisesse olekusse, mis põhjustab seda tüüpi hallutsinatsioone. Samuti on erinevat tüüpi vaimseid häireid, mis võivad põhjustada sama tüüpi reaktsioone ajus, mistõttu on hüpnagoogiliste hallutsinatsioonide ilmnemisel hädavajalik otsida professionaalset abi. Olenemata sellest, kas see on uimastiprobleem või vaimse tervise probleem, tuleb keemiliste muutuste põhjus leida ja parandada.
Nende hallutsinatsioonide lõplik põhjus võib olla nii lihtne kui pea- või seljavigastused, mis mõjutavad ajju juhtivaid närve. Pea- või lülisambavigastus võib samuti põhjustada ajus olevate kemikaalide õiget toimimist, eriti kui teatud närvid on pigistatud. Nagu varem öeldud, tuleb seetõttu konsulteerida arstiga, kui hüpnagoogilised hallutsinatsioonid muutuvad probleemiks. Kuigi põhisümptomid ei pruugi olla muud kui häirivad, võib põhiprobleem olla tõsisem ja see tuleks eraldada ja kõrvaldada.