Laste alatoitumist põhjustavad nii välised kui ka sisemised tegurid. Lapsed muutuvad alatoidetuks, kui nad ei saa toidust õiges koguses toitaineid, nagu vitamiinid ja mineraalained. Mõnel juhul on alatoitumise tagajärjeks see, et lapsel on haigus, mis ei lase tema kehal vajalikke toitaineid omastada. Muudel juhtudel on lapsed alatoidetud, kuna neil pole piisavalt toitu.
Tingimused, mis võivad põhjustada laste alatoitlust, kui neid korralikult ei ravita, on tsöliaakia ja laktoositalumatus. Tsöliaakiaga lapsed ei talu gluteeni, nisus ja teatud teistes teraviljades leiduvat valku. Tsöliaakia korral ründab lapse immuunsüsteem gluteeni, mis võib põhjustada soolestiku kahjustusi, takistades toitainete imendumist.
Märgid, mis näitavad, et lapsel võib olla tsöliaakiast põhjustatud alatoitumus, on kaalulangus ja aneemia. Laps ei pruugi saada piisavalt kaltsiumi, mis põhjustab rahhiidi või luude pehmenemist. Tsöliaakia sümptomiteks on ka puhitus ja kõhulahtisus.
Laktoositalumatus on veel üks haigusseisund, mis võib põhjustada laste alatoitumist. Paljud lapsed vajavad piimatooteid, et saada toidust piisavas koguses kaltsiumi. Laktoositalumatusega lapsed ei suuda piima ja muid piimatooteid korralikult seedida ning võivad neid vältida. Üks võimalus vältida laktoositalumatusest põhjustatud alatoitlust lastel on süüa teisi kaltsiumiallikaid, näiteks rohelisi ja pähkleid.
Teine haigusseisund, mis võib põhjustada alatoitlust, on tsüstiline fibroos. Kui lapsel on tsüstiline fibroos, toodavad limaskestarakud paksu lima, mis ummistab nii hingamisteid kui ka soolestikku ja kõhunääret ühendavaid torusid. Pankrease vaheline ühendus on vajalik ensüümide transportimiseks, mis aitavad lapse kehal omastada valku ning A-, C- ja K-vitamiini. Kui torud on ummistunud, võib tulemuseks olla alatoitumus.
Mõned imikud ja lapsed võivad saada alatoidetud, kui neil on seisund, mis muudab söömise ebameeldivaks. Happe reflukshaigusega laps võib keelduda söömast. Kui haigusseisundit ei ravita, võib tal tekkida düsfaagia, mis muudab neelamise valulikuks või mõnel juhul võimatuks.
Piisava toitumise puudumine on veel üks laste alatoitumise põhjus. Väga väike laps võib muutuda alatoidetuks, kui ta ei saa kohe pärast sündi emalt õiget toitumist. Lastel riikides, kus toitu napib või kus valitseb vaesus, on suurem oht alatoitumuse tekkeks kui lastel, kes elavad arenenud riikides, kus paljud toidud on rikastatud täiendavate vitamiinide ja toitainetega.