Puuvilja- ja pähkliaiad nõuavad palju tööd ja planeerimist. Alates maa ostmisest ja viljapuude istutamisest kuni saagi hooldamiseni ning seejärel koristamiseni ja toote müümiseni on palju detaile, millega tuleb tegeleda. Viljapuuaia haldamine hõlmab kõiki samme, mis lähevad maatüki edukaks ja tulusaks saagiks muutmiseks.
Viljapuuaia haldamine algab enne puude istutamist. Viljapuuaia omanikud peavad kindlaks määrama, millised on nende eesmärgid viljapuuaia jaoks. Praegu pannakse paika ka prioriteedid, tööplaanid ja hindamismeetodid. Mulda tuleb testida toitainete osas ja peab olema konkreetne plaan, mida kuhu istutada. See hõlmab teadmist, mis piirkonnas hästi kasvab ning milliste puuviljade ja pähklite järele on nõudlus. Seejärel istutatakse puuistikud vastavalt plaanile viisil, mis soodustab tolmeldamist ja maksimaalset kasvu.
Viljapuuaia hooldamise teine etapp on puude hooldamine. See hõlmab saagi väetamist ja töötlemist insektitsiididega. See hõlmab ka teadmist, kuidas haige puuga ümber käia, ja plaani koostamist katastroofide (nt tulekahju, rahe või külmumine) puhuks. Iga puu kontrollimine probleemide (nt mädaniku, hallituse või putukate) suhtes võib olla aeganõudev, kuid see on vajalik samm. Mida varem võimalikud probleemid avastatakse, seda suurem on võimalus puu päästmiseks ja parandamiseks.
Kui vili on kasvanud, on aeg koristada ja müüa. Viljapuuaia haldamise juurde kuulub ka töötajate rühma palkamine saagikoristuseks, kogutud viljakoguste jälgimine ja seejärel puuviljadele turu leidmine. Seal on palju üksikasju, mida salvestada ja jälgida. Tuleb registreerida vilja keskmine suurus, puude vanus ja iga puuliigi viljade arv, mis võimaldab omanikul kasutada seda teavet järgmise aasta saagikuse parandamiseks.
Eduka viljapuuaia majandamisega kaasneb palju. Paljud viljapuuaiaomanikud teevad neid ülesandeid ise või palkavad isegi üksikisiku või inimeste rühma, kes neid ülesandeid aitaks. Samuti on olemas viljapuuaedade haldusettevõtted, mis aitavad omanikel edukate majandamistavade abil oma eesmärke saavutada. Majandamisplaani olemasolu võib viljapuuaia edus oluliselt mõjutada.