Sügaval aju keskel asuvad vasak ja parem basaalganglionid ümbritsevad talamust ja moodustavad eesaju kriitilise osa. Arvatakse, et need ganglionid on struktuurilt ja funktsioonilt sümmeetrilised. Kuigi teadmised vasaku basaalganglioni mõjutavate ajuhäirete kohta on küllaldased, ei ole selle funktsiooni kohta lõplik ja sidus teooria veel ilmnenud. Arvatakse, et see ajupiirkond on seotud täidesaatvate funktsioonide, õppimise ja emotsioonidega. Eksperimentaalsed uuringud on näidanud, et see ganglion on seotud aktiivsuse valiku, aktiivsuse vahetamise ja liikumisega, kuid see, kuidas see oma inhibeerivat aktiivsust motoorsete neuronite aktiveerimiseks kasutab, jääb ebaselgeks.
Kõige levinumad vasaku basaalganglionid mõjutavad häired on Huntingtoni tõbi ja Parkinsoni tõbi. Mõlemat seisundit iseloomustavad liikumishäired, samuti kognitiivse paindlikkuse ja täidesaatva funktsiooni langus. See annab aluse teooriale, et see ajupiirkond vastutab ajus mitmekesiste ja keerukate ülesannete eest.
Tourette’i sündroom ja obsessiiv-kompulsiivne häire on samuti korrelatsioonis vasaku basaalganglionide düsfunktsiooniga. See pole üllatav, sest paljud neuroteadlased kahtlustavad, et see ajuosa võib olla vahendatud ka tegevuse vahetamiseks ja valikuks. Leiud, et sõltuvus võib selles piirkonnas olla vahendatud, toetavad veelgi teooriat, et need ganglionid reguleerivad motivatsiooni ja käitumisõpet.
See võib aidata selgitada selle piirkonna tähtsust selgroogsete ajus. Igal selgroogse liigil on vähemalt vasaku basaalganglionide algelemendid. See näitab, et sellel on tõenäoliselt oluline roll liikumises, käitumises ja primitiivsetes motivatsiooniimpulssides.
Mõned eksperdid usuvad, et vasaku basaalganglioni inhibeeriva neurotransmitteri gamma-aminovõihappe (GABA) kasutamine enamikus oma neuronites stimuleeriva neurotransmitteri glutamaadi asemel muudab selle funktsiooni mõistmise keerulisemaks. Need neuronid avaldavad oma tegevust, pärssides oma sihtmärkide tegevust, seega on nende mõju märkide ümberpööramiseks lugematu arv võimalusi. See loob võimaluse veelgi rohkemate teooriate jaoks selle kohta, millised närvirühmad oma mõju saavutamiseks koos töötavad.
Vaatamata GABA tähtsusele ganglionides tervikuna, on ühes selle sektsioonis kõrge kolinergiliste neuronite kontsentratsioon. Striatumis olevad rakud, kuigi nad moodustavad vaid väikese osa sellest ganglionidest tervikuna, kasutavad peaaegu eranditult ergastavat neurotransmitterit atsetüülkoliini. Märkimisväärne hulk piirkonna neuroneid kasutab ka dopamiini. Arvatakse, et see neurotransmitter vähendab nii motivatsiooni kui ka sõltuvust ning mängib rolli Parkinsoni tõve progresseerumisel, mistõttu ei saa ülehinnata selle tähtsust vasaku basaalganglionide üldisele funktsioonile.