Varjatud infektsioon on olukord, kus viirus on organismis olemas, kuid see jääb uinuma, põhjustamata ilmseid sümptomeid. Patsient on endiselt viirusega nakatunud ja uinuva viirusega kokku puutudes võib ta viiruse teistele edasi anda. Samuti võivad aktiveeruda varjatud infektsioonid, mis põhjustavad sümptomite ja haiguste taasilmumist. Klassikaline latentse infektsiooni näide on herpes simplex, mis perioodiliselt ägeneb, põhjustades külmavillid, enne kui see uuesti uinub.
Inimesed ajavad mõnikord varjatud infektsioonid segamini latentsusega. Latentsus ehk kliiniline latentsus on üks nakkuse peiteperioodil tekkivatest asjadest, mille puhul haigusetekitaja on organismis olemas ja paljuneb, kuid ei põhjusta sümptomeid. Kliinilise latentsusega seotud viirus ei ole uinunud, nagu nende infektsioonide puhul, vaid on täielikult aktiivne ja põhjustab peremeesorganismile probleeme. Lõpuks liigub viirus latentsusest välja ja hakkab tekitama tuvastatavaid sümptomeid, hoiatades peremeesorganismi nakkuse esinemisest.
Mõningaid infektsioone ei saa kunagi kehast täielikult välja uhtuda, kuna need muutuvad latentseks ravimite ja muude viiruse ohjeldamiseks ja replikatsiooni pärssivate meetmete kasutamisel. Sellistel juhtudel võib infektsioon keskkonnamõjude tõttu perioodiliselt ägeneda. Varjatud infektsioonid võivad tekkida ka siis, kui viirus muteerub, muutudes võimatuks likvideerida või kui ravikuur ei ole lõpetatud, mis võimaldab viirusel organismis uinuda.
Paljudele viirustele on iseloomulik latentse infektsiooni tekitamine, mis võimaldab viirusel organismis keskkonna muutudes tsüklitena nõrgeneda ja voolata. Viiruse seisukohast on uinumisvõime kriitilise tähtsusega, kuna see võimaldab viirusel peremeesorganismi säilitada, muutudes samal ajal uinuvaks, kui tingimused on viiruse jaoks vaenulikud või ebameeldivad. Neid infektsioone võib olla ka väga raske avastada või hallata.
Lisaks sellele, et need infektsioonid põhjustavad peremeesorganismile probleeme perioodilise ägenemise ja mitmesuguste sümptomite tekitamisega, võivad need muutuda veelgi võikamaks. Mitmeid viirusi on seostatud kontrolli alt väljas oleva rakkude jagunemisega, mis on arvatavasti põhjustatud viiruse ja raku DNA segamisest, mis viib juhtmete ristumiseni ja raku ohjeldamatu jagunemiseni. Varjatud infektsioonid võivad muutuda tõsiseks probleemiks ka siis, kui patsiendi immuunsüsteem on nõrgenenud, kuna infektsioon võib ilmneda siis, kui patsiendi immuunsüsteem ületab kriitilise punkti.