Valkude seedimine järgib väga jäika protsessi; Eesmärk on lagundada valk väiksemateks komponentideks, mida nimetatakse aminohapeteks, mida kasutatakse kahjustatud või surevate valkude taastamiseks või asendamiseks kehas pärast seedimise lõppemist. Seal on üheksa asendamatut aminohapet, mida sageli nimetatakse ehitusplokkideks. Valkude seedimise füüsiline toiming algab suus, kui valku sisaldav toit näritakse väiksemateks tükkideks. Valkude seedimise keemiline protsess algab siis, kui toit siseneb makku ja see on protsessi osa, mis võimaldab valku lagundada molekulideks, mida keha saab kasutada.
Kui toit satub suhu, laguneb see närimise teel füüsiliselt. Mõned toidud, mis sisaldavad suures koguses seeditavat valku, on liha, munad, pähklid ja piimatooted. Toit seguneb suus süljega, mis soodustab selle liikumist mööda söögitoru alla. Söögitoru ja mao vahel on klapp, mida nimetatakse sulgurlihaseks, ja kui toit liigub läbi selle klapi, algab valkude seedimise keemiline protsess.
Valkude seedimise keemilise protsessi käigus seguneb vesinikkloriidhape koos pepsiinidena tuntud ensüümidega valgu molekulidega ja lõhub molekule koos hoidvad sidemed. Kui need sidemed on hüdrolüüsina tuntud protsessi käigus katkenud, on valgud peaaegu muutumas keha jaoks vajalikeks asendamatuteks aminohapeteks. Valkude seedimise protsess maos võib kesta kuni neli tundi, kuid selleks kuluvat aega võivad mõjutada mitmed tegurid.
Kui seedimine maos on lõppenud, liiguvad peaaegu lagunenud valgud kaksteistsõrmiksoole kaudu peensoolde. Sel hetkel lõpetab kõhunääre valkude lagunemise, vabastades ensüümi, mida nimetatakse trüpsiiniks. Kui see lõplik lagunemine on lõppenud, liiguvad aminohapped läbi peensoole seina väikestesse kapillaaridesse. Seeditud valk ehk aminohapped liiguvad enne peamisse vereringesse sisenemist läbi maksa. Seejärel liiguvad aminohapped läbi kogu keha elunditeni, mida on kõige rohkem vaja täiendada.
Kui kehas on liiga palju valku ja seda kõike ei saa seedida ja vereringesse imenduda, liigub ülejääk läbi jämesoole ja liigub neerude kaudu. Sel hetkel muudetakse see uureaks tuntud jäätmeks. Seejärel eritub see kehast uriiniga.