Paljude valitsuste, eelkõige USA, etanooli reklaamimine on tekitanud palju poleemikat. USA-s, kus etanoolitoetustele kulutatakse miljardeid dollareid maksumaksja raha, on vaidlus muutunud eriti teravaks ja selle taga on mitmeid põhjuseid. Paljud taanduvad põhjapanevale tülile selle üle, kas etanool, eriti maisi etanool, on tõesti nii imeline, kui inimesed seda väidavad.
Mõned majandusteadlased väidavad, et kui tootel on oma olemuselt eeliseid, siis inimesed maksavad selle eest, muutes toetused tarbetuks. Etanooli tootmise subsideerimine maksab, kuigi kaudselt, maksumaksjate raha ja hoiab hinnad kunstlikult madalal, mitte ei võimalda neid õiglase turuväärtusega kooskõlas määrata. Majandusteadlased, kes soovivad näha säästva energia üldisemat edendamist, väidavad ka, et etanoolitoetused võtavad rahastamise ära muudelt säästva energia allikatelt, sealhulgas allikatelt, mis on puhtamad, tõhusamad ja kergemini kättesaadavad kui etanool.
Etanoolitoetused võivad samuti mängida rolli toiduainete hinnatõusus ja käimasolevas toidu ja kütuse arutelus. Argumendiks on see, et põllumajandustootjatele kulub toiduks saakide tootmine rohkem maksma, kuna neid kultuure subsideeritakse vähem ja nad kannavad hinnad tarbijatele. Toidu pakkumist vähendavad selle argumendi kohaselt ka etanoolitoetused, kuna põllumajandustootjatel on stiimul kasvatada saaki etanooli saamiseks, mistõttu nad suunavad põllud, mida kunagi kasutati toidukultuuride kasvatamiseks maisi kasvatamiseks. Pakkumise vähenemine võib põhjustada hindade tõusu ja mõnel juhul isegi puudujääke.
Etanool ise on küsitavate omadustega kütus. See nõuab erilist käsitsemist, sealhulgas unikaalse koostisega bensiini kütusesegude jaoks ja spetsiaalseid transiidiprotseduure, mis võivad selle kulukaks muuta. Samuti ei põle see väga puhtalt ja on vähem energiasäästlik kui bensiin, mis tähendab, et etanooli või etanooli/bensiini seguga töötaval autol on väiksem läbisõit. Lisaks ei ole etanooli tootmine iseenesest kuigi energiatõhus ning mõnel juhul võib kütuse tootmine ja transport maksta rohkem kui toodetud.
Etanoolitoetuste kriitikud väidavad, et valitsuse vahendid tuleks suunata tõeliselt taastuvate uuenduslike energiaallikate edendamisele, mitte kulutada küsitava väärtusega kütusele. Etanoolitoetuste säilitamist peetakse selle argumendi kohaselt raiskavaks. Vahendite sihtimise koha valimine näib olevat pikas perspektiivis kasulikum, isegi kui uuemad tehnoloogiad ei anna kohe edu.