Tüvirakkude nišš on põhiliselt kehas asuv koht, kus tüvirakke võib leida. See väljend viitab tehniliselt iga üldise koepiirkonna konkreetsele osale, mis arvatavasti sisaldab tüvirakke. Täiskasvanud inimkeha paljudes erinevates kohtades on tüvirakkude nišš, nagu luuüdi, nahk ja maks. Lisaks leidub embrüote tüvirakke ohtralt. Tüvirakud on põhimõtteliselt spetsialiseerimata rakud, mis võivad hiljem õppida täitma erifunktsioone ja seeläbi kahjustatud kudesid parandada.
Spetsiifilist mikrokeskkonda, mis on koduks tüvirakkudele, nimetatakse tüvirakkude nišiks. Inimestel võib tüvirakkude nišše leida muu hulgas luuüdis, ajus, veresoontes ja südames. Tüvirakkude nišši sisaldavad ka mehe munandid ja naise munasarjad, nagu ka nabanöör, mis ühendab ema ja lapse. Kui tüvirakk oma nišist eemaldatakse, ei ole see nii võimeline jagunema, mis on vajalik, kui see hakkab kohanema, et täita mõnda muud keha funktsiooni. Teadlased otsivad võimalusi rakukultuuri abil rohkem tüvirakke kasvatada.
Tavaliselt hõivavad tüvirakud tüvirakkude niši, kuni keha vajab neid mõne kahjustatud koe asendamiseks. Nišis tüvirakud tavaliselt ei jagune, vaid jäävad vaikseks, kuni neid vajatakse. Tüvirakkude nišš on tehniliselt konkreetne asukoht igas üldises koepiirkonnas, kus tüvirakud asuvad. Näiteks luuüdis paiknevad tüvirakud osteoblastiliste vooderdiste rakkude lähedal.
Teadlased otsivad uusi tüvirakkude nišikohti, kuna tüvirakud võivad meditsiinile kasulikud olla. Tüvirakud on sisuliselt rakud, millel ei ole veel välja kujunenud kehas teenimiseks spetsiaalset funktsiooni. See asjaolu tähendab, et ühest tüvirakust saab sõltuvalt sellest, kuidas seda kultiveeritakse, muuta neuroniks, spetsiaalseks ajurakuks või insuliini sekreteerivaks pankreaserakuks. Tüvirakkude kasvatamisel lisatakse erinevate kemikaalide kokteile, et simuleerida konkreetset keskkonda, milles need toimimiseks vajalikud on.
Mõned tüvirakkude nišid asuvad embrüonaalsetes loodetes. Selle põhjuseks on asjaolu, et palju vähemal lootel olevatest rakkudest on spetsiifilised funktsioonid, kuna need alles arenevad. Seda tüüpi tüvirakkude nišid sisaldavad rohkem kasulikke tüvirakke, kuna neid ei pea enne kasutamist uuesti turgutama. Embrüote kasutamine on aga muutnud tüvirakkude uurimise vastuoluliseks teemaks.