Turvaline operatsioonisüsteem viitab üldiselt ühele kahest asjast; operatsioonisüsteem, mis keskendub tugevalt sise- ja välisturbele või operatsioonisüsteem, millel on väline turbesertifikaat. Mõlemal juhul on nende operatsioonisüsteemide turbetase kõrgem kui keskmisel süsteemil. Seetõttu kasutatakse turvalist operatsioonisüsteemi üldiselt kohtades, kus hoitakse olulisi andmeid või kus on tõsine ründeoht.
Mitmed operatsioonisüsteemid keskenduvad turvalisusele kui oma peamisele ehituspunktile. Nendel süsteemidel on sageli otse nende koodi sisse ehitatud turvalised funktsioonid ja kerge krüpteerimine. See on vastupidine tavalisele operatsioonisüsteemile, mis tavaliselt tugineb kolmandate osapoolte programmidele. Kuna need programmid ei laadita operatsioonisüsteemi osana, on alati väike aken, kus neist mööda minna. Turvalises operatsioonisüsteemis on kaitsed eristamatud ja neid ei saa operatsioonisüsteemist tervikuna eemaldada; seetõttu on nende ümber töötamine palju raskem.
Mõned neist turvalistest operatsioonisüsteemidest on mõeldud konkreetseks kasutuseks ja mitte millekski muuks. Näiteks riistvaralise tulemüüri või autentimisserveri programmeerimine on sageli tavalise operatsioonisüsteemi variatsioon. Nendel juhtudel on süsteem endiselt olemas; see on lihtsalt turbeprotokollide jaoks vajalike funktsioonideni kärbitud.
Mõned standardsed operatsioonisüsteemid saavad kinnituse väliselt väärtpaberisüsteemilt. Seda tüüpi turvaline operatsioonisüsteem on üldiselt väga sarnane tavalisele kasutajaversioonile, sageli mõne väikese muudatusega. Need muudatused muudavad süsteemi teatud piirkonnad turvalisemaks, kuid ei muuda süsteemi üldisi meetodeid ja toiminguid.
Üldiselt kasutatakse kõrge riskiga asukohas turvalist operatsioonisüsteemi. Operatsioonisüsteem pakub sissetungimise ja andmete varguse vastu kaitset esmatasandil. Isegi turvalisusele orienteeritud operatsioonisüsteemi puhul pole ebatavaline leida arvutist muid krüpteerimis- ja kaitsekihte. Need täiendavad kolmanda osapoole programmid kõrvaldavad kõik sisseehitatud programmide puudused ja kaitsevad süsteemi veelgi.
Isegi turvalise operatsioonisüsteemi korral mängib kasutaja tegevus üldises turvalisuses tohutut rolli. Tavakasutaja jaoks on turvalisus sageli kasutatavuse järel teisel kohal. Selle tulemusena lülitavad paljud kasutajad teatud turvasüsteemid välja, kui nad arvutikasutust takistavad. Paljudes turvalistes süsteemides on kaitsemeetmed kasutaja sekkumise vältimiseks või kaitsete automaatseks sisselülitamiseks. See aitab säilitada turvalisuse põhitaset isegi siis, kui teatud toimingud on häiritud.