Kuni 20. sajandi keskpaigani pidasid teadlased ja tervishoiutöötajad emotsionaalseid reaktsioone ja kognitiivset konditsioneerimist suures osas kaheks eraldiseisvaks üksuseks. Kognitsiooni ja emotsioonide uurimise edenedes muutsid paljud autoriteedid oma arvamust absoluutse erinevuse olemasolu kohta kahe oleku vahel. Kuigi see pole ikka veel üksmeelne, on teaduslikud seisukohad hakanud levitama arusaama, et tunnetuse ja emotsiooni vahel on võimalik seos.
“Tunnetus” viitab tavaliselt õppimise ja arutlemise psühholoogilisele töötlemisele. See hõlmab loomulikku osalemist abstraktsetes tegevustes, mis on seotud mälu, planeerimise, probleemide lahendamise ja tajumisega. Kognitiivsed funktsioonid võivad ilmneda ilma nendest palju teadvustamata või otsese vastusena välisele sisendile. Näiteks lihtne kognitiivne reaktsioon äärmuslikule ohule on põgenemisvõimaluse väljamõtlemine, mis võib juhtuda peaaegu automaatselt või pärast vähemalt mõne minuti probleemide lahendamisele kulutamist. Veel üks lihtne näide hõlmab kognitiivse valiku tegemist välistada häirivad faktorid, kuni konkreetne ülesanne on lõpetatud.
Teisest küljest trotsib emotsioon ajalooliselt kergesti kokkulepitavat määratlust. Erinevate emotsiooniseisundite selgituste hulgas nõustuvad vaimse tervisega tegelevad autoriteedid tavaliselt teooriaga, et emotsioonid tekivad tänu tasu või karistuse tingimisele. Arstid, kes on pärit rohkem kliinilisest või meditsiinilisest taustast, võivad eelistada teooriat, et inimkeha teavitab emotsionaalseid reaktsioone. See viimane rühm usub suuresti, et emotsioonid on seotud ajustruktuuridega, nagu amygdala, hipokampus ja hüpotalamus. Ükskõik, millist teooriat nad lõpuks usuvad, on enamik ajutegevust uurivaid spetsialiste jõudnud kokkuleppele, et emotsioonid näivad mõjutavat kognitiivseid protsesse ja tunnetus näib mõjutavat emotsionaalseid reaktsioone.
Tunnetus ja emotsioon on mitmel viisil seotud. Anatoomilised kahesuunalised ühendused, mis hõlmavad prefrontaalseid ja eesmisi aju struktuure, seovad emotsioonide tõusu seotud autonoomsete kognitiivsete ülesannete eduka täitmisega. Lisaks näib, et stiimul, mis kutsub esile inimese emotsionaalse reaktsiooni, stimuleerib samal ajal kognitiivseid reaktsioone. Näiteks võib emotsionaalne visuaalne sisu aktiveerida ajukoore, mille tulemuseks on kognitiivsete protsesside suurenemine, mis on seotud sellega, kuidas visuaalsüsteem teavet tajub ja töötleb.
Teine seos tunnetuse ja emotsiooni vahel on seotud sellega, kuidas keha õpib teatud olukordades reageerima. See teooria, mida paljud teadlased nimetavad kognitiivsete emotsioonide reguleerimiseks, kirjeldab, kuidas inimene võib pärast intensiivset emotsionaalset reaktsiooni ümber hinnata stiimulite komplekti. Seda tüüpi kognitiivne ümberhindamine võib toimuda ajustruktuuri interaktsioonide tõttu, mis hõlmavad amygdalat, mida tavaliselt stimuleeritakse, kui inimene reageerib emotsionaalsele sisendile, ja saarekoorega.