Täistera šokolaadiküpsised on tavaliselt valmistatud täistera nisujahust, mitte rafineeritud valgest või universaalsest jahust. Mõned täistera šokolaadiküpsiste retseptid võivad sisaldada ka muid teravilju, näiteks kaera. Küpsistes võib olla ka vähem suhkrut kui tavalistes šokolaadiküpsistes. Nagu tavalised šokolaadiküpsised, sisaldavad ka täisteraküpsised võid ja võivad sisaldada mune.
Kokk võib täistera šokolaadiküpsiste valmistamiseks kasutada tavalist täistera nisujahu. Mõned kokad leiavad, et valge täistera nisujahu, mis on valmistatud erinevast nisusordist, annab küpsistele kergema maitse ja ühtlasema tekstuuri kui tavaline täistera nisujahu. Teine võimalus on kasutada peenemaks jahvatatud täistera nisu saiajahu. Tavalisel täistera nisujahul on tugev maitse, mis võib mõnele häirida.
Lisaks täistera nisujahule sisaldavad teatud tüüpi täistera šokolaadiküpsised muud tüüpi teravilja. Kokk võib soovida küpsistele täisteranisujahu asemel lisada rullitud kaera või köögikombainis jahvatatud kaera. Kaer annab küpsistele pähklise maitse ja lisab ka tekstuuri.
Paljud täistera šokolaadiküpsiste retseptid püüavad olla tervislikumad kui tavaliste küpsiste retseptid. Retsept võib nõuda tavalisest vähem suhkrut, kuigi see pole alati nii. Tavaliselt nõuavad šokolaadiküpsiste retseptid nii pruuni kui ka valget granuleeritud suhkrut.
Teisi täistera šokolaadiküpsiste koostisosi leidub ka tavalistes šokolaadiküpsistes. Või mängib olulist rolli küpsiste maitsestamisel ja kooshoidmisel. Mõned retseptid võivad nõuda jahutatud võid, mis lõigatakse taignasse, samas kui teised nõuavad pehmet võid, mis on kreemitatud suhkruga.
Tavaliselt sisaldavad küpsised mune, kuigi mõnes retseptis jäetakse muna täielikult välja. Mõned retseptid võivad nõuda munaasendajat, näiteks tärklist või linaseemneid. Teised ei maini muna asendamist. Mõnel juhul võib retsept nõuda terve muna ja munakollase kasutamist.
Täistera šokolaadiküpsiste suurus võib olla erinev. Mõned küpsised on väikesed, samas kui teised kasutavad ühe kulbi kohta palju tainast. Kokk, kes ei soovi tainast üksikuteks küpsisteks jaotada, võib selle kõik pannile või küpsetusnõusse laotada ja küpsetada ühe suure küpsise, mida saab lõigata nagu küpsiseid.