Koljupõhi on jagatud kolmeks koljuõõnde: tagumine, keskmine ja eesmine. Tagumine lohk ehk tagumine kraniaalne lohk on sügavaim ja suurim ning seda määratleb kolju kuklaluu. Selles süvendis on kaks kriitilist ajupiirkonda: ajutüvi ja väikeaju. Need ajupiirkonnad kontrollivad autonoomset närvisüsteemi, koordinatsiooni ja liikumist. Kraniaalnärvid VII kuni XII väljuvad koljust läbi tagumise lohu, ühendades seljaaju ja ühendades aju ülejäänud kehaga.
Tagumises lohus asub ajutüvi. See koosneb keskajust, sillast ja medullast. Ajutüvi sisaldab peamisi kraniaalnärve, sealhulgas näonärvi, glossofarüngeaalset närvi, vagusnärvi, lisanärvi ja hüpoglossaalset närvi. Ajutüvi vastutab elutähtsate autonoomsete funktsioonide eest nagu hingamine, pulss, vererõhk, seedimine, higistamine ja süljeeritus. Selle piirkonna kolju kahjustus võib lõppeda surma või püsiva puudega.
Väikeaju on ajupiirkond, mis vastutab liikumise, tasakaalu ja koordinatsiooni eest. Tagumises lohus on väikeaju jagatud kaheks poolkeraks, mis on eraldatud õhukese alaga, mida nimetatakse vermiks. Seljaaju kaudu saab väikeaju infot lihastelt ja saadab infot lihastesse. See sensoorne silmus annab propriotseptiivset ja kinesteetilist teavet – teavet liikumise, tasakaalu, asendi ja valu kohta. See peenhäälestatud tagasisideahel võimaldab tantsijatel ja sportlastel arendada hämmastavat lihaskontrolli.
Seljaaju läbib foramen magnumi, mis on keskel paiknev ava tagumises lohus. Selle lohu sügavad sooned sisaldavad ka põik- ja sigmoidseid siinusi. Need siinused on veenid, mis koguvad ajust verd ja võimaldavad sellel läbi südame tsirkuleerida.
Selles piirkonnas võivad esineda paljud aju mõjutavad haigused. Selle piirkonna vähk on sageli esmane ja võib tekkida ajust endast, kraniaalnärvidest, ajukelmetest või koljust. Need vähikasvajad on sagedamini lastel ja moodustavad enamuse lapsepõlves esinevatest ajukasvajatest. Selles piirkonnas kasvavad kasvajad võivad blokeerida seljaaju vedeliku voolu, põhjustades suurenenud survet ajule ja ajutüvele. Infektsioonid peas ja kaelas võivad levida ka tagumisse süvendisse ning väikeajus või ajutüves ei ole harvad insuldid või verejooksud seda süvend läbivate suurte veresoonte tõttu.