Sisemootor on selline, mille veovõllist koos sõukruviga on vette sukeldatud vaid väike osa. Tavaliselt asub sellistel juhtudel paadisisese mootori põhiosa paadi sees, tavaliselt keskuse lähedal, eriti väiksemate käsitööde puhul. Paadisisestel mootoritel on vees sõitmisel mõned eelised ja puudused.
Enamasti eelistatakse veesuusatamiseks ja võib-olla ka üldiseks kruiisimiseks sisemootoreid. Tavaliselt kulub lennukini jõudmiseks vähem aega ega põhjusta lennuki vööri tõusmist nii palju kui päramootorile jõudes. See sobib suurepäraselt ka paadisõitjatele, kes muretsevad nende mõne sekundi pärast, mil nad ei pruugi näha otse, mis nende ees on. Sisemootor teeb selle võimalikuks, kuna ei raiska nii palju energiat paadi esiosa tõstmisele.
Lisaks on sisemootor populaarne suusatajate seas, kuna see hoiab suurema osa paadist veega kontaktis. See võib hõlbustada ärkamist ja sujuvamat suusakogemust. Sellegipoolest võivad mõned suusatajad eelistada väljakutseid, mis kaasnevad suuremate ärkamistega, ja eelistavad neid selliste tegevuste jaoks nagu äratushüpped.
Kuid millestki loobutakse ka sisemootoriga. Asjaolu, et see puutub veega nii palju kokku, vähemalt võrreldes päramootoritega, tähendab, et paadid kogevad oluliselt suuremat takistust. See võib paati aeglustada, kui võrrelda sarnaste hobujõuliste päramootoritega. Seetõttu ei pruugi sisemootor olla parim valik, kui kiirus on oluline.
See on vaid üks põhjus, miks turniirikalurid, näiteks need, kes püüavad ahvenat või muid jahikalaliike, eelistavad päramootoreid. Samuti on sisemootorpaadil piiratud võimalus veovõlli üles kallutada, et sattuda madalamatesse vetesse, kus mõnikord kalu on. Seda võrreldakse päramootoritega, mille saab sellistele aladele juurdepääsuks tavaliselt täielikult või peaaegu täielikult veest välja tõsta.
Mõned väidavad, et sisemootorid peavad kauem vastu kui päramootorid. Seda võib aga seletada isikliku eelistuse või õnne küsimusena. Kahetaktilised mootorid kipuvad kuluma kiiremini kui neljataktilised ja sisemised mootorid on peamiselt neljataktilised. Kaasaegsed päramootorid on aga peaaegu kõik neljataktilised, mistõttu see eristus ei kehti enam, vähemalt uuemate mudelite puhul. Sisemootor kipub maksma ka veidi rohkem kui võrreldav päramootor, mis võib anda mõnele mulje, et kvaliteet on veidi parem.