Ladinakeelne termin “fundus” tähendab “põhja” ja seda kasutatakse ava vastas asuva elundi ala kirjeldamiseks. Nimele vaatamata võib see anatoomiline struktuur paikneda elundi üla- või küljes, füüsilises ruumis orienteerumise mõttes mitte tingimata all. Paljudel kehaorganitel on ala, mida nimetatakse silmapõhjaks, ja paljudes anatoomiatekstides on selle struktuuri loetelu registris ja see võib juhtida huvitatud lugejaid erinevatele illustreerivatele plaatidele.
Üks meditsiinipraktikas sageli esinev silmapõhja on emaka põhi. See piirkond asub emaka ülemises tagumises osas, kuna selle elundi ava on emakakael, mis on suunatud allapoole. Raseduse ajal, kui emakas laieneb, võivad arstid mõõta põhjakõrgust, et jälgida raseduse kulgu. See mõõtmine kulgeb palpatsiooniga katsutava emaka ülaosast häbemeluuni ja see registreeritakse tavaliselt naise graafikus, nii et nädalast nädalasse saab edenemist näha ühe pilguga.
Silmas nimetatakse võrkkesta mõnikord silmapõhjaks. Silmaarstid võivad võrkkesta pildistada, et koguda teavet patsiendi silmade tervise kohta. Võrkkesta fotod võivad paljastada üksikasju, mis ei pruugi füüsilise läbivaatuse ajal nähtavad olla, ja neid saab hoida patsiendi kaardis, et jälgida silma muutusi. Selle pildistamiseks laiendatakse patsiendi silmi, et paljastada võrkkesta, ja kasutades selleks spetsiaalset kaamerat.
Maol ja sapipõiel on ka struktuurid, mida nimetatakse silmapõhjaks. Maos on see piirkond mao ülemises vasakus piirkonnas. Silmapõhja annab ruumi maos kogunevatele gaasidele ja mahutab ka veel seedimata toitu. Sapipõie korral asub silmapõhja elundi ülaosas, tsüstilise kanali vastas.
Mõned kirurgilised protseduurid võivad hõlmata silmapõhja. Uudishimulikud patsiendid võivad küsida oma kirurgidelt anatoomilist teavet, et nad saaksid operatsioonist rohkem aru. Näiteks kui sapipõie eemaldatakse koletsüstektoomia käigus, eemaldab kirurg kogu organi, mis jääb silmapõhjani selgeks, ja saadab selle tavaliselt laborisse kontrollimiseks, et kontrollida rakkude kõrvalekaldeid, mis võivad vajada järelravi.