Sihtkapitali varade jaotamine on varade jaotamine sihtkapitali piires, et maksimeerida tulu ja minimeerida riske. Ülikoolid ja teised suured asutused kasutavad sihtkapitale oma tegevuse rahastamiseks, sealhulgas üliõpilastele rahalise abi andmiseks, uutesse rajatistesse investeerimiseks ning võtmeõppejõudude ja töötajate rahastamiseks. Need rahalised vahendid on emaorganisatsiooni heaolu jaoks üliolulised ja neid tuleks hallata äärmise ettevaatusega. Mõned asutused haldavad oma vahendeid ise, teised aga annavad need üle vilunud varahaldurile, kes suudab vajalikud tööd teha.
Sihtkapitali varade segu kipub olema väga mitmekesine. See on taktika, mis vähendab riske, jaotades investeeringud paljude kategooriate vahel. Isegi kui investeeringud ühte sektorisse toimivad halvasti, võivad teised hästi minna või püsida stabiilsena, ühtlustades antud finantsperioodi kasumit. Kannatlikkus võib olla ka sihtkapitali varade jaotamise aspekt, kus juhid on nõus ootama head tootlust, selle asemel, et raha koheselt kahjumlikest investeeringutest välja viia.
Sihtkapitali haldamine võib olla keeruline. Haridusasutused vastutavad õpilaste ja avalikkuse ees ning neil võib olla vaja avaldada aastaaruandeid, et arutada investeeringuid ja tulusid. Sihtkapitali varade jaotamise otsuste tegemisel peab juhtkond arvestama asutuse huve, sihtkapitali kasutust viimastel kuudel või aastatel ning jooksvaid finantsküsimusi. Kehvadel turgudel võivad asutused toetuda suuresti sihtkapitalile, kuna muud rahastamisallikad kaovad, mis tähendab, et põhisumma võib ammenduda isegi siis, kui tulu väheneb.
Sihtkapitalis võivad olla esindatud mitmed erinevad varaklassid, sealhulgas välis- ja kodumaised investeeringud aktsiatesse, võlakirjadesse ja muudesse võimalustesse. Osa sihtkapitali varade jaotusest sisaldab täpset tasakaalu riski ja tulu vahel. Suurima tuluga kaasneb suurim risk, mis võib need võrrandist välja jätta, sest juht ei taha sihtkapitali ohtu seada. Stabiilne tootlus on aga fondi vajaduste rahuldamiseks liiga madal, mistõttu tuleb investeeringute kombinatsiooni arvutada nii, et sellel oleks hea, kuid turvaline tootlus.
Sihtkapitali varade jaotamise uuringud näitavad, et väga suured sihtkapitalid võivad isegi kehvades majandustingimustes väga hästi toimida. Alustuseks suur põhisumma võib hõlbustada hajutamist ja riskide võtmist, et saada paremat tulu. Konservatiivsed varade jaotamise strateegiad on levinud väikestes sihtkapitalides, kus on muret põhikapitaliga riskimise pärast. See võib aga tagasilööki anda, kuna rikkuse loomine võib olla keeruline, kui juht ei võta riske.