Peamine seos kehalõhna ja haiguste vahel seisneb sümptomaatiliste kõrvalmõjude vallas. Kehalõhn võib olla konkreetse haiguse sekundaarne sümptom, seega on tavaliselt võimalik seda tüüpi probleeme arsti järelevalve all kontrollida. Parim viis kindlaks teha, kas püsiv kehalõhn on tingitud haigusest, mitte bakterite olemasolust või hormonaalsetest muutustest, on haiguste kohta rohkem teada saada, pöörata tähelepanu muutustele kehalõhnas ja teatada sellistest muutustest arstile.
Tuntuim korrelatsioon kehalõhna ja haiguste vahel esineb patsientidel, kes põevad liighigistamist, mida tuntakse ka kui liigset higistamist. Kuigi liighigistamine on enamasti tõsine seisund, on selle kõige sagedasemad kõrvalnähud märg ja suurenenud kehalõhn. Selle haiguse all kannatavate inimeste parimad lõhna ennetamise viisid on sagedane vanniskäik koos higistamisvastaste, deodorantide ja aeg-ajalt antikolinergiliste ravimite kasutamisega.
Diabeedi all kannatavad inimesed võivad korduvalt märgata muutuvaid kehalõhna sümptomeid. Enamikul juhtudel on diabeetikutel ebameeldiva kehalõhna põhjuseks veresuhkru ebaõige kontroll, mis võib põhjustada ketoatsidoosi või ketokehade sisalduse suurenemist veres või kehakoes. Et vältida seda tüüpi seost kehalõhna ja haiguste vahel, peaksid diabeediga patsiendid rangelt järgima ettenähtud raviplaane, mis on loodud nende veresuhkru taseme kontrollimiseks ja säilitamiseks.
Üks haruldane seos kehalõhna ja haiguste vahel on trimetüülaminuuria, geneetiline haigus, mille puhul keha ei suuda töödelda trimetüülamiini nimelist ühendit. Kui see ühend koguneb kehakoesse, eritab haigestunud inimene sageli ebameeldivat kehalõhna, mis lõhnab palju nagu mädanenud kala. Enamasti tekib trimetüülaminuuria autosomaalsete retsessiivsete FMO3 geenimutatsioonide tõttu, kuid mõnikord on süüdlane neeruhaigus, toiduvalgud (nt munadest, kaunviljadest või kalast pärinevad valgud) või trimetüülamiini põhjustavate bakterite arvu suurenemine seedesüsteemis.
Teine ebameeldivat kehalõhna põhjustav haigus on fenüülketonuuria (PKU), haruldane ainevahetushäire, mis võib kahjustada närvisüsteemi ja põhjustada vaimset alaarengut. Paljud vanemad on selle haigusega mõnevõrra tuttavad, sest vastsündinu esimene test on sageli PKU-test, mis tehakse tavaliselt vahetult pärast sündi lapse kannalt võetud vereproovi abil. Lisaks tõsisematele sümptomitele eraldavad PKU-ga inimesed aminohappe fenüülalaniini ülekülluse tõttu sageli kopitanud kehalõhna.
Inimestel, kes põevad maksahaigust, alkoholismi või seeninfektsioone, võivad sümptomaatiliselt ilmneda muud kehalõhna ja -haiguse juhtumid. Toitumise tasakaalustamatus ja mineraalide puudused võivad samuti põhjustada kehalõhna. Arsti või muu tervishoiutöötajaga konsulteerimine võib aidata välja selgitada kehalõhna muutumise põhjused.