Põhiline seos jooga ja tšakrate vahel seisneb selles, et teatud tüüpi joogat saab kasutada inimese tšakrate manipuleerimiseks ja õigeks tasakaalustamiseks. Tšakrad on punktid inimese kehal, kuhu tema energia loomulikult koguneb nagu keeris. Joogat saab kasutada tšakratega manipuleerimise vahendina, sageli neid avades või tasakaalustades, mis võimaldab inimesel paremini rakendada ja kasutada oma loomulikku energiat. Ühine seos jooga ja tšakrate vahel on kundalini jooga praktika, mida kasutatakse inimese selgroo allosas asuva energia äratamiseks ja iga tšakra äratamiseks.
Üks põhilisemaid seoseid jooga ja tšakrate vahel on arusaam sellest, kuidas joogat saab kasutada erinevate tšakrate tasakaalustamiseks ja aktiveerimiseks. Jooga on hinduismis ja budismis põhineva harjutuse vorm, mida inimene joogarežiimi jooksul võtab erinevate pooside kujul. Need asendid võimaldavad inimesel venitada ja muutuda paindlikumaks. Mõnda joogaasendit saab kasutada ka meditatsiooni ja praktika kaudu, et aidata inimesel positsioone harjutades oma tšakratega ühenduse luua.
Tšakrad on seitse energiapunkti, mida leidub kogu inimese kehas. Nendele energiapunktidele keskendudes saab inimene neid tasakaalustada ja joondada, et jõuda oma kehaga paremasse füüsilisesse harmooniasse. Joogat ja tšakraid saab koos kasutada praktika kaudu, mida sageli nimetatakse kundalini joogaks.
Seda tüüpi jooga kasutab teatud asendeid, mis aitavad inimesel oma tšakratega ühendust luua, avades või äratades igaüks neist selgroo põhjast kuni pea ülaosani. Kui inimene seda tüüpi joogat praktiseerib, koguneb tema selgroo põhja energia, mida nimetatakse kundalini energiaks. See liigub iga tšakra avanemisel läbi keha ülespoole ja lõpuks vabaneb inimese pea ülaosast. Kogenud praktikud hoiatavad sageli, et seda tüüpi jooga võib olla uustulnukatele ohtlik ning genereeritud ja vabanev jõud võib põhjustada füüsilist kahju neile, kes pole valmis seda kontrollima.
Joogat ja tšakraid saab kasutada koos, et aidata inimesel mitte ainult lõõgastuda, vaid ka võimsamalt ja oma elu kontrollida. Kasutades joogat oma keha energia paremaks kontrollimiseks ja vabastamiseks, väidavad mõned inimesed, et joogat ja tšakraid saab kasutada nii füüsiliste kui ka psühholoogiliste haiguste raviks. Kuna iga tšakra on seotud teatud kehaosa ja erinevate füsioloogiliste funktsioonidega, saab konkreetse tšakra tasakaalustamist kasutada seda kehaosa mõjutavate haiguste vastu võitlemiseks.