Seos Ameerika jalgpalli ja ajukahjustuse vahel tekib peamiselt seetõttu, et jalgpallurid võivad oma ametiajal saada ühe või mitu põrutust, mis võib põhjustada püsivaid vigastusi ja ajukahjustusi. Kõige murettekitavam on see, et mängijatel võib tekkida krooniline traumaatiline entsefalopaatia (CTE), mida ei saa diagnoosida enne, kui keegi on surnud. CTE-d seostati kunagi peamiselt poksiga ning inimeste suur arv lööke näkku ja pähe põhjustas mitmeid põrutusi. Kahjuks on jalgpall ja seda tüüpi ajukahjustused üha enam omavahel seotud, kuna rohkem jalgpallureid on diagnoositud CTE pärast sageli varajast surma.
Ameerika jalgpall on kahtlemata agressiivne spordiala ja isegi kiivrit kandes on suur oht saada tõsiseid peavigastusi. 2000. aastatel kogutud tõendid on pannud professionaalsed liigad püüdma vähendada põrutusi ja muutnud nende raviprotokolli. Näiteks ajupõrutuse saanud mängijad ei saa enam lihtsalt mänguga uuesti liituda, sest nad tunnevad end paremini, mis oli 1990ndatel lubatud. Jalgpalli- ja ajukahjustuse parem mõistmine viitab sellele, et põrutusnähud ei teki alati kohe pärast vigastust ning teatud kahjustuste ebaoluliseks muutmiseks on vaja ettevaatlikumat hoiakut.
Pole veel teada, kui palju vigastusi saab mängija saada enne, kui ajukahjustus muutub püsivaks. CTE spetsiifiline põhjus on valkude kogunemine ajus, mis mõjutavad selle funktsiooni. See valkude agregatsioon näib oluliselt suurenevat pea sagedasemate vigastuste korral. Pole teada, kas kõik arvukate peavigastustega inimesed saavad selle seisundi, kuid on kindel, et jalgpallurid kuuluvad regulaarselt põrutuste tõttu kõrge riskiga rühma.
CTE sümptomid illustreerivad jalgpalli ja ajukahjustuse vahelise seose ignoreerimise tõsidust. See seisund võib alata tujukusest, viha juhtimise probleemidest, impulsikontrolli probleemidest ja raskest depressioonist. Mõned inimesed sooritavad varases staadiumis enesetapu. Edenedes hakkab CTE sarnanema Alzheimeri tõvega, väheneb füüsiline liikumine ja sümptomid, nagu deliirium ja dementsus.
Kasvav teadlikkus keskkooli, kolledži ja profijalgpalli seostest ning ajukahjustustest on toonud kaasa mitmeid ideid selle kohta, kuidas probleemiga toime tulla. Mõned on arvanud, et võib-olla ei peaks inimesed üldse mängima, kui saavad teise peapõrutuse. See idee pole tavaliselt populaarne.
Teine pakutud lahendus on välja töötada kiivrid, mis kaitsevad rohkem mängijate pead ja hoiavad suurema tõenäosusega ära põrutusi. On välja toodud, et kiivri konstruktsioon pole nii kaasaegne ja ümberkujundatud seade võib olla parem. Need ideed ei kõrvalda ikka veel kontaktspordi, nagu jalgpall, põhiriske ja pole selge, kas need suudavad CTE ära hoida.
Tugevaim seos jalgpalli ja ajukahjustuse vahel peitub mõne CTE ohvrite nimedes, nagu Tampa Bay Buccaneer, Tom McHale; Miami delfiin, John Grimsley; ja Cincinnati Bengal, Chris Henry. Teised mängijad, kes on surmajärgses analüüsis CTE suhtes positiivsed, on Dave Duerson, Mike Webster ja Lou Creekmur. Ei ole teada, kui paljud praegused või endised mängijad kannatavad selle haiguse all või kellel on oht selle tekkeks.