Vaktsineerimise ja autismi vahelise seose kohta on kirjutatud uskumatult palju. Paljud vanemarühmad tunnevad kindlalt, et mõned immuniseerimised võivad põhjustada autismijuhtumeid. See tugev tunne ja vanemate aktiivsus on viinud korduvalt nõudmiseni selle seose uurimise järele ning tehtud kliinilised uuringud näitavad, et immuniseerimise ja autismi vahel puudub seos. Meditsiiniringkond on otseselt väljakujunenud tasavägise vastu ja isegi kohtud on sellesse sekkunud, tehes 2010. aastatel otsuseid, et seost ei eksisteeri.
Üks tugevamaid uuringuid, mis viitas seosele immuniseerimise ja autismi vahel, avaldati 1998. aastal tunnustatud meditsiiniajakirjas The Lancet. Hiljem leiti, et selles artiklis olid väljamõeldud ja ebatäpsed andmed ning 2010. aastal võttis The Lancet selle tagasi. Selle olemasolu tekitas muret, eriti lapsevanemate seas, ning autismijuhtude suurenemise tõttu pooldasid paljud vaktsineerimisest loobumist. Arstid, kes leidsid, et risk haigestuda rasketesse haigustesse on endiselt palju suurem kui risk haigestuda autismi, seda valikut ei toetanud.
Mõnda aega keskenduti vanemate kaitserühmades kemikaali olemasolule mõnes vaktsiinis, mida nimetatakse timerosaaliks. Vastavalt Lanceti artiklile ja muudele allikatele arvati, et see suurendab autismiriski. Seda asja on ka uuritud ja timerosaal on enamikust vaktsineerimistest eemaldatud. Praegu ei ole see kemikaal meditsiiniliste ja kohtulike standardite kohaselt vastutav autismijuhtumite eest ning eriti leetrite, mumpsi ja punetiste vaktsineerimisel (MMR), mida lapsevanemate kaitserühmad on pidanud tõenäoliseks autismi põhjustajaks, ei arvata seos haigusega. Märgitud erand on see, et esimesed autismi sümptomid võivad ilmneda ligikaudu samal ajal kui MMR-i manustatakse, olenemata sellest, kas lapsed saavad vaktsiini või mitte.
Hiljutised uuringud selle haiguse kohta näitavad vähem seost immuniseerimise ja autismi vahel ning rohkem seost geneetikaga. Ulatuslik uuring, millesse investeeris suur organisatsioon Autism Speaks, hindas üle 2000 lapse, et teha kindlaks, kas on geneetilisi tegureid, mis soodustavad inimesi autismi tekkeks, ja selgub, et neid on. Need pole lihtsalt üksikud, vaid sisaldavad väikeseid defekte või erinevusi paljudes erinevates geenides. On selge, et haigusseisundi eest ei vastuta üks geen, kuid inimestel võib olla mitmeid geene, mis ennustavad paremini autismi esinemist.
Isegi kõigi nende tõenditega ei saa immuniseerimise ja autismi vahelist seost kõigil juhtudel täielikult välistada. Selle vastu vaidlevad teatud tegurid. Immuniseerimise tase on nüüd langenud hirmu tõttu, et autism on põhjustatud vaktsiinidest, kuid autismi tase tõuseb jätkuvalt. Poistel esineb autismi palju sagedamini kui tüdrukutel, kuid mõlemat sugupoolt vaktsineeritakse võrdselt.
Õiguspärane teadus ei ole suutnud tõestada seost immuniseerimise ja autismi vahel. Enamik tõendeid, mis viitavad seosele, on saadud meditsiinilistelt inimestelt ja seda ei toeta karm teadus. Peaaegu kõik seaduslikud meditsiiniorganisatsioonid lükkavad seose ümber ja väljendavad sügavat muret vaktsineerimisest hoidumise võimalike ohtude pärast.