Seos GERD ja hiatal songa vahel seisneb selles, et GERD võib tekkida hiatal songa tagajärjel. GERD ja hiatal song on kaks erinevat haigusseisundit. GERD ehk gastroösofageaalne reflukshaigus on seisund, mille puhul inimese maosisu liigub maost ülespoole ja tagasi söögitorru. Hiatal song on seisund, mille puhul mao ülemine osa liigub diafragmas oleva ava kaudu ülespoole. GERD ja hiatal songa vahelise seose äratundmiseks on ilmselt kõige parem kõigepealt mõista kõnealuse piirkonna anatoomiat.
Kui inimene neelab, läheb toit mööda söögitoru alla ja makku. Kuigi söögitoru on maoga ühendatud, asuvad mõlemad organid erinevates kehaosades; söögitoru on rinnus, samas kui kõht on kõhus. Diafragma on lihas, mis sisuliselt eraldab rindkere kõhupiirkonnast. Sellel on väike auk, millest söögitoru läbib ühenduse maoga. Hiatal songa korral jõuab mao ülemine osa rindkere piirkonda.
Söögitoru ja magu kohtuvad alumine söögitoru sulgurlihas (LES), mis avaneb, et toit saaks makku siseneda, ja sulgub, et toit ei saaks söögitorru tagasi liikuda. LES asub diafragma all ja on suurema osa ajast suletud. LES all on kude, mis toimib nagu klapp. Kui maos on rõhk, sulgeb see klapp söögitoru, mis on veel üks viis vältida toidu sisenemist söögitorusse. Söögitoru ühendub maoga terava nurga all; see nurk võimaldab klapil töötada õige rõhuga.
Mis juhtub GERD ja hiatal songaga, on see, et viimane põhjustab LES-i ja klapi ebaõiget toimimist, võimaldades toidul liikuda söögitorusse ülespoole. Seda seetõttu, et hiatal songa korral, kui mao ülemine osa liigub diafragma kohal ja rindkere piirkonda, väheneb rõhk. LES sõltub tavaliselt sellest rõhust, mis pärineb diafragmast, et korralikult toimida. Teisisõnu, kuna LES ei ole enam õiges asendis, ei saa see enam piisavalt survet, et toimida nii, nagu peaks. Lisaks kaotab klapp ka nõuetekohaseks toimimiseks vajaliku rõhu, kuna kaob terav nurk, millest see sõltub.