Sekundaarne infektsioon on infektsioon, mis tekib teise infektsiooni või haiguse ravi ajal või vahetult pärast seda. Sellised infektsioonid võivad olla erineva raskusastme ja sagedusega, olenevalt mitmest tegurist, sealhulgas patsiendi tervislikust seisundist, esialgse probleemi põhjusest, kasutatavast raviviisist ja tingimustest asutustes, kus patsienti ravitakse. Mõnikord on need piisavalt tavalised, et neid võib kergesti oodata, samas kui mõnikord võivad need olla ootamatud ja mõnikord väga masendavad meditsiinipersonali jaoks.
Üks levinumaid sekundaarse infektsiooni tekkimise põhjuseid on immuunsüsteemi pärssimine. Näiteks kui keegi võtab infektsiooni raviks antibiootikumi, võib tekkida seeninfektsioon, kuna kehas leiduv seen kasutab olukorda ära, kuna antibiootikum tapab kasulikud bakterid, mis võivad seda tavaliselt kontrolli all hoida. Infektsioon võib tekkida ka mõne ravi tulemusena. Näiteks võib intravenoossete torude pikaajaline paigutamine mõnikord põhjustada infektsiooni.
Seda tüüpi infektsiooni käsitletakse tavaliselt tüsistusena ja sellega tuleb tegeleda, eriti kahjustatud immuunsüsteemiga patsientidel. Näiteks HIV- ja AIDS-i patsiendid on väga altid sekundaarsetele infektsioonidele ja nad võivad surra, kuna nende immuunsüsteem ei ole võimeline toimima. Need võivad olla ohtlikud ka vähihaigetele, ulatusliku operatsiooni läbinud inimestele ja muude tõsiste tervisehäiretega inimestele.
Kuna need infektsioonid on levinud risk, on paljudel meditsiiniteenuste osutajatel võetud meetmed nende varajaste sümptomite tuvastamiseks, eesmärgiga selliste infektsioonidega kiiresti tegeleda, enne kui neil on võimalus levida ja patsiendile probleeme tekitada. Palavikku, turset, valulikkust ja naha värvimuutust koheldakse väga tõsiselt, kuna need sümptomid võivad viidata infektsiooni levikule. Mõnel juhul antakse patsientidele isegi profülaktilisi antibiootikume, et vältida infektsiooni teket; see praktika on enne operatsiooni väga levinud.
Mõnel juhul võib sekundaarne infektsioon olla põhjustatud ebapuhtatest tingimustest või ebaõigest hooldusest. See on eriti levinud vaestes kogukondades, kus ei pruugi olla vajalikke ressursse, et hoida oma kliinikud ja haiglad nii puhtad kui vaja, eriti haiguste epideemiate ajal. Rikkamas kogukonnas käsitletakse neid, mis arenevad välja haiglavea tõttu, sageli kohtuasja algatamise alusena, nii et meditsiinitöötajatel on veel üks põhjus neid oma patsientidel ära hoida.