Roomajate ajul on ajuteaduse klassikalise teooria kohaselt vastavad struktuurid imetajate, sealhulgas inimeste ajus. “Kolmeaju” teooria kohaselt arenes evolutsiooniajaloos esimesena välja instinktide ja ellujäämise pärast muretsev roomajate aju. Olendid, nagu imetajad, arendasid roomajate aju alusel välja keerulisemad ajustruktuurid, mis võimaldavad mõelda, emotsioone ja eneseteadlikkust. Ajuuuringud on sellest ajast peale näidanud, et kolmikaju teooria on parimal juhul liialt lihtsustatud; Siiski on see endiselt populaarne meedia ja üldsuse seas.
1960. aastatel näitas neuroteadlane ja arst Paul D. MacLean ajustruktuuride uurimisel, et basaalganglionid, rühm inimaju põhjas asuvaid struktuure, meenutasid sisalike ja teiste roomajate aju. See koos teadmisega, et basaalganglionid on tugevalt seotud motoorsete funktsioonidega, pani MacLeani uskuma, et aju areng vastab evolutsioonilisele arengule. Evolutsiooniajaloos arenesid kõigepealt välja roomajad, seejärel imetajad ja seejärel inimesed, nii et ta arvas, et ka aju võib arengu keerukuse alusel jagada osadeks.
MacLeani teooria kohaselt kontrollisid basaalganglionid, mida ta nimetas roomajate ajuks, madalamaid instinkte, nagu agressiivsus ja territoriaalsus, käitumist, mida võib täheldada nii roomajatel kui ka imetajatel, sealhulgas inimestel. Vahepealsed ajustruktuurid, mida ta nimetas “limbiliseks süsteemiks”, kontrollisid kõrgemaid funktsioone, mis on vajalikud poegade kasvatamiseks, kuid ei olnud vajalikud roomajate puhul, kes üldiselt pigem munevad kui poegi sünnitavad ja kasvatavad. Neokorteks, mida leidub ainult kõrgematel imetajatel, võimaldas inimestel arendada keelt, arutlust ja teadlikku mõtlemist.
Hilisemad avastused aju- ja loomateaduses on näidanud, et kolmikaju teooria ei ole täpne mudel. Sellised olendid nagu linnud on näiteks võimelised kasutama algelisi tööriistu ja keelt, hoolimata neokorteksi puudumisest. Pärast seda on leitud, et mõned ajufunktsioonid, mida varem arvati reptiilsete aju kontrolli all olevat, hõlmavad erinevaid aju piirkondi. Evolutsiooniline areng pole samuti nii lihtne, kui kunagi arvati, mis vaidlustab veelgi MacLeani arengumudeli.
Kolmikaju ja roomajate aju jäävad populaarkultuuri ja ajufunktsioonide uskumuste osadeks. Astrofüüsik Carl Sagani populaarteaduslik bestseller “Eedeni draakonid” andis 1970ndatel kolmikaju teooriale laialdase ülevaate. Oma murrangulises graafilises romaanis “Elektra Assassin” andis koomiksikunstnik Frank Miller oma tegelaskujule Elektrale võimaluse toimida ainult oma “roomaja ajuga”, võimaldades tal ohu korral instinktiivselt ja halastamatult tegutseda.