Progesteroon ja menstruaaltsükkel on omavahel tihedalt seotud, sest ilma selle hormoonita ei saaks menstruatsioon tekkida. Progesteroon töötab koos östrogeeniga emaka limaskesta paksendamiseks ja progesterooni järsk langus põhjustab selle eraldumise menstruatsiooni ajal, kui rasedust ei toimu. See hormoon on oluline ka raseduse korral, kuna progesterooni kõrge tase tagab loote õige arengu. Lisaks võib progesterooni ja östrogeeni vaheline tasakaalustamatus põhjustada premenstruaalset sündroomi (PMS). Mõned naised kasutavad progesterooni ja menstruaaltsükli vahelist seost enda huvides, sest see hormoon võib erinevate koguste olemasolul nii rasedust ära hoida kui ka parandada.
Menstruatsiooni follikulaarses faasis on nii progesterooni kui östrogeeni tase üsna madal, kuid pärast seda suureneb, östrogeen ovulatsioonifaasis ja progesteroon luteaalfaasis. Kui folliikulis küpseb uus munarakk, aitavad progesteroon ja östrogeen raseduse korral emaka limaskesta paksendada, et embrüo saaks korralikult implanteerida. Lisaks püsib progesterooni tase kõrge, et võimaldada lootel korralikult areneda ja lasta verel emakas ringelda. Selle hormooni teine ülesanne raseduse ajal on luua limakork, mis kaitseb loodet emakasse sattuvate bakterite eest. Selle hormooni puudumine võib põhjustada raseduse katkemist, mistõttu progesteroon ja menstruaaltsükkel on mõlemad olulised naistele, kes soovivad last sünnitada.
Progesterooni tase tõuseb pärast ovulatsiooni ja kui rasedust ei toimu, langeb progesterooni tase ootamatult, põhjustades menstruatsiooni ajal emaka limaskesta eraldumist. Vahetult enne progesterooni langust kannatavad paljud naised PMS-i all, mis on tingitud hormoonide tasakaalustamatusest. Progesterooni tase tõuseb sel hetkel sageli, mistõttu võivad naised end tavapärasest näljasemana tunda. Paljud naised kurdavad ka puhitust vahetult enne menstruatsiooni, mis on tingitud progesterooni kalduvusest panna neerud nii vett kui soola talletama. Lisaks märkavad naised sageli suuremaid ja tugevamaid rindu, kuna kude suureneb selle hormooni toimel, mis on veel üks viis, kuidas progesteroon toimib koos menstruaaltsükliga ka pärast seda, kui rasedust pole veel toimunud.
Mõned naised kasutavad progesterooni ja menstruaaltsükli vahelist seost ära, lisades oma kehasse rohkem seda naissuguhormooni, et saavutada erinevaid tulemusi. Näiteks võivad mõned naised aidata vältida progesterooni madalast tasemest tingitud raseduse katkemist, võttes seda hormooni sisaldavaid tablette, süste või suposiite. Teised naised, kes üritavad rasedust vältida, kasutavad ainult progesterooni sisaldavaid rasestumisvastaseid tablette, mis võivad paksendada emakakaela lima, nii et spermatosoididel on raske emakakaela jõuda. Samuti võib see õhendada emaka limaskesta, sest selle hormooni taseme tõus, millele järgneb järsk langus, hoiab ära emaka limaskesta paksuse muutumise. Ainult progesterooni sisaldavatel rasestumisvastastel pillidel on vähem kõrvalmõjusid kui kombineeritud pillidel, mis sisaldavad ka östrogeeni, mistõttu on need mõne naise jaoks atraktiivsed. Naised peaksid oma arstide nõuannete ja järelevalve alusel määrama parima ravi.