Peenise eemaldamine viitab toimingule või protsessile peenise eraldamiseks mehe kehast. Peenise võib eemaldada meditsiinilistel põhjustel, näiteks vähi tõttu. Transseksuaal või transseksuaalne isik võib soovida oma peenise kirurgilist eemaldamist seksuaalvahekorras. On dokumenteeritud juhtumeid, kus peenis eemaldati tahtmatult mõne isikliku kallaletungi kaudu. Peenise eemaldamine on peaaegu kõigis kaasaegsetes ühiskondades haruldane.
Peenise kirurgilise eemaldamise meditsiiniline termin on penektoomia. Penektoomia kõige levinumad meditsiinilised põhjused on peenise vähk ja lapse peenise vigastus ümberlõikamise ajal. Peenise vähk on Põhja-Ameerikas ja Euroopas haruldane esinemine, kuid Aafrikas ja Lõuna-Ameerikas moodustab peenise vähk peaaegu 10% kõigist meestel arenenud vähkidest. Harvadel juhtudel võib lapsepõlves tehtud ümberlõikamine põhjustada tõsise deformatsiooni, mis muudab peenise peaaegu kasutuks. Rasketel juhtudel võib ainsaks meditsiiniliseks võimaluseks olla peenise eemaldamine.
Penektoomia võib olenevalt haigusseisundi tõsidusest olla kas osaline või radikaalne. Peenise osa päästmiseks võib teha osalise peenektoomia, mille eemaldamist vajavad ainult mõned osad, tavaliselt ots või pea. Radikaalne penektoomia eemaldab kogu peenise. Sellistel juhtudel eemaldatakse kogu peenise võll ja urineerimise hõlbustamiseks sisestatakse torso juures olevasse mehe kusiti.
Transseksuaalsed naised, isikud, kes on sündinud meessoost, kuid samastavad end naissooga, võivad taotleda seksuaalse ümberpaigutamise operatsiooni. Selle protseduuri jaoks on vaja palju operatsioone, kuid lõpuks tehakse penektoomia. Seda tüüpi peenise eemaldamine on enamasti osaline, kuna kirurgid ei eemalda elundit täielikult, vaid kujundavad selle ümber soovitud naise anatoomia järgi.
Seksuaalse ümberpaigutamise penektoomia käigus pööratakse peenise võll ümber, et luua vagiina, samal ajal kui peenise peast moodustub täielikult töötav kliitor. Ureetra nihutatakse oma anatoomiliselt õigesse naise asendisse. Harvadel juhtudel võib meditsiiniliste komplikatsioonide tõttu olla vajalik radikaalne penektoomia.
Teatatud on kallaletungijuhtudest, kus peenis eemaldatakse tahtmatult jõuga. Tihtipeale peetakse peenise sunniviisilise eemaldamise motiiviks kättemaksu või soovi näha meesterahvast kurnatuna. Teatavasti lõikasid mõned iidsetel aegadel vallutanud armeed oma alistatud vaenlastel peenised maha. Seda võidi teha kas vastaspoole kogukaotuste hindamiseks või karika kogumiseks.