Patogeen on mis tahes organism – näiteks viirus, seen või bakter –, mis põhjustab mõnes teises organismis haiguse. Organismide põhjustatud haigused võivad ulatuda külmetushaigusest toidumürgistuse ja meningiidini. Nad võivad levida mitmel viisil, näiteks kokkupuutel kehavedelikega, allaneelamisel alaküpsetatud toiduga või saastunud vees ujudes. Mõnes riigis on võetud meetmeid vee kaudu levivate patogeenide põhjustatud haiguste vähendamiseks. Inimesed saavad võtta ka muid samme, et kaitsta end nende haigust põhjustavate ainete eest.
Üks levinumaid viise patogeeni levikuks on isiklik kontakt. Mõned, näiteks külmetushaigust põhjustav viirus, levivad sülje kaudu. Teised, näiteks inimese immuunpuudulikkuse viirus (HIV), võivad levida vahekorra või nõelte jagamise kaudu. Haigusi põhjustavad organismid võivad levida ka kokkupuutel väljaheitega või ebasanitaarsete tegevuste kaudu. Hügieenitavade järgimine võib aidata teil haigestumist ja haiguste levikut vältida.
Vesi võib olla ka peremees. Erinevat tüüpi haigusi põhjustavad organismid võivad asuda magevette ja tekitada probleeme inimestel, kes seda joovad. Mõnes riigis töödeldakse veevarustust, et tõhusalt kõrvaldada paljud erinevad organismid, mis võivad esineda. Isegi nendes riikides võib saastunud vesi olla probleemiks, kui torm või muu katastroof peaks veepuhastusprotsessi katkestama. Vee keetmine tapab sageli enamiku patogeene, mistõttu soovitatakse seda tavaliselt veepuhastusprotsesside katkemise korral.
Viirused ja bakterid võivad põhjustada mitmesuguseid haigusi. Näiteks tuulerõugeid põhjustab viirus ja teatud tüüpi E. coli bakterid põhjustavad toidumürgitust. Paljudel juhtudel mõjutavad haigusi põhjustavad seened taimi, kuid on ka selliseid, mis võivad mõjutada inimesi, näiteks sõrmjas, jalaseen ja suuõõnes.
Veel üks huvitav patogeenina toimiv organism on amööb nimega Naegleria fowleri, mida võib kohata paljudes piirkondades, sealhulgas mageveevarudes. See võib liikuda saastunud vees ujuva inimese nina mööda ja lõpuks jõuda ajju. Seal hakkab see ajurakke hävitama ja põhjustab primaarset amööbset meningoentsefaliiti (PAM). Enamikule ohvritest on see surmav, kuid nakkused on väga haruldased.