Ökosüsteemi haldamise mõistel on palju erinevaid määratlusi, kuid nendes kõigis on kaks ühist teemat. Esiteks peaks ökosüsteemi juhtimine ökosüsteemi kas säilitama või parandama. Teiseks peaks juhtkond pakkuma tooteid või teenuseid ökosüsteemi praegustele ja tulevastele kasutajatele.
Ökosüsteem koosneb kõigist liikidest, sealhulgas inimestest, kes elavad konkreetses füüsilises keskkonnas. See koosneb elavatest ja elututest komponentidest, mis koosmõjus moodustavad stabiilse ja isekestva süsteemi. Ökosüsteem on stabiilne selle poolest, et see suudab kohaneda seestpoolt tulevate muutustega ja püsib edasi ilma inimeste või teiste liikide sekkumiseta. Ökosüsteemide näideteks on okasmetsad Põhja-Ameerikas, pruunvetikametsad ookeanis ja troopilised vihmametsad.
Kui ökosüsteemi konkreetne osa eemaldatakse kiiremini, kui seda on võimalik täiendada, võib kogu süsteem olla hädas. Selle põhjuseks võib olla uue liigi sissetung või ökosüsteemi osa kasutamine ja ekspluateerimine inimeste poolt. Pole tähtis, milline osa ökosüsteemist eemaldatakse, tagajärjed on samad.
On palju näiteid ühe liigi üleekspluateerimisest inimeste poolt, sealhulgas hiiglaslikud sekvoiad Californias, paljud erinevad suurulukite liigid Aafrikas ja vaalad kogu maailmas. Vaalapopulatsiooni vähendamine küttimise kaudu sai palju tähelepanu. Säilitamine ei tähenda, et ühtki taime ega looma ei tohi hävitada. Selle asemel toimub eemaldamine kontrollitud viisil, nii et midagi ei eemaldata ökosüsteemist kunagi kiiremini, kui seda saab asendada. Ökosüsteemi haldamise kaudu kaitsmine tähendab, et kogu ökosüsteemi saab säilitada, tagades samal ajal praegustele ja tulevastele kasutajatele.
Üks peamisi vastuseisu ökosüsteemi haldamisele pärineb neilt, kes praegu ökosüsteemi oma elatise tarbeks kasutavad. Näiteks võib tuua puidutootmise versus kaitse USA Vaikse ookeani loodeosa okasmetsades. Puidutööstuse töötajad olid mures töökohtade kadumise pärast, samas kui looduskaitsjad osutasid oluliste liikide, näiteks öökullide, kadumisele puude puudumise tõttu. Koostatud ökosüsteemi haldamise programm pakkus võimalust metsa ülestöötamiseks, jättes teatud aladele siiski piisavalt puid, et säilitada liikide taset.
Oluline on märkida, et ökosüsteemi juhtimine hõlmab terve ökosüsteemi säilitamist, mitte ainult konkreetse liigi või ökosüsteemi osa kallal töötamist. Sageli ainult ühele piirkonnale keskendudes kannatavad ökosüsteemi teised piirkonnad, kui üks piirkond õitseb. Ökosüsteemi juhtimine pakub terviklikumat vaadet oleviku ja tuleviku eduka ökosüsteemi loomisele.