Müügimaksu koguvates jurisdiktsioonides on maksuhalduril tavaliselt õigus ettevõtteid auditeerida, et olla kindel, et kõik võlgnetavad müügimaksud on korralikult tasutud. Müügimaksuaudit on protsess, mille käigus maksuametnik uurib ettevõtte raamatupidamist, et teha kindlaks, kas on tasumata makse. Mõnikord tehakse auditeid väärkohtlemise kahtluse korral, kuid enamasti tehakse neid juhuslikult. Auditeeritav ettevõte on tavaliselt seadusega kohustatud loovutama kõik dokumendid ja raamatupidamisraamatud kontrollijale ning kui avastatakse vigu, peab ta tavaliselt maksma trahviga.
Müügimaks on seda koguvate riikide ja riikide jaoks oluline tuluallikas. Väiksemad riigid, eriti Euroopa riigid, määravad müügimaksu riiklikul tasandil. Ameerika Ühendriikides on müügimaks osariigi maksustamise küsimus. Mitte kõik osariigid ei hinda müügimaksu ja neil, kus on, on erinevad määrad ja erinevad reeglid. Kõigis kohtades on auditeerimisprotsess üks levinumaid viise, kuidas riiklikud maksuasutused saavad kindlaks teha, kas järgitakse kohalikke maksude vähendamise eeskirju.
Reeglid selle kohta, milliseid maksuarvestusi ettevõtted peavad pidama, on jurisdiktsiooniti erinevad ning käibemaksuauditi käigus toimuv on samuti erinev. Üldiselt valib maksuamet ettevõtted, mida ta auditeerib, mõnevõrra juhuslikult. Seejärel võtab ta nende ettevõtetega ühendust ja soovitab neil teatud kuupäevaks oma andmed valmis olla.
Müügimaksu auditeerimise protseduurid keskenduvad dokumentide kontrollimisele. Enamikus kohtades peavad ettevõtted esitama oma maksudokumendid valitsusele ja nendes dokumentides avalikustama, kui palju müügimaksu tekitavaid müüke tehti. Mõnikord saavad ettevõtted kasutada maksudeklaratsiooni dokumente, et taotleda teatud maksuvabastusi ja mahaarvamisi võlgnetavatelt maksudelt. Audit algab toimikusse kantud maksudokumentidega. Maksuagent otsib ennekõike tõendeid selle kohta, et need enda esitatud dokumendid kajastavad täpset finantsteavet.
Enamikus jurisdiktsioonides on ettevõtetel seaduse järgi kohustus pidada arvestust kõigi oma tehingute kohta, märkides ära, millal müügimaksud koguti ja kui suur osa müügimaksu laekumisest valitsusele üle kanti. Sageli peavad nad neid andmeid ajakohasena hoidma aastaid. Müügimaksurevisjoni käigus kontrollib audiitor ettevõtte enda esitatud maksudeklaratsiooni dokumentide kõrval ka arvestust, mida ettevõte on säilitanud. Kui audiitor leiab lahknevusi või kui ta teeb kindlaks, et maksud koguti valesti või ebatäpselt, võib ta trahvida ettevõtet võlgnetavate maksude ja trahvide eest.
Audiitor võib aga avastada ka, et ettevõte on aastate jooksul maksnud liiga palju müügimakse. Kui see nii on, võib ettevõte taotleda riigilt tagasimakset, et ülejääk tagasi saada. Mõned ettevõtted kontrollivad regulaarselt oma raamatuid, et kontrollida, kas enammakseid pole. Seda nimetatakse tagasimaksete auditiks või pöördkäibemaksu auditiks.
Tavaliselt ei nõuta, et auditeeritud ettevõtetel oleks juriidiline nõustaja või väljastpoolt raamatupidamise abi, kuigi paljud ettevõtted, eriti väikeettevõtted, valivad selle niikuinii. Auditi korraldamiseks ja audiitoriga suhtlemiseks välisauditi konsultandi palkamine võib olla ettevõtete omanikele viis oma äritegevuse jätkamiseks, ilma et auditiga seotud stress kulutaks nende aega ja energiat. Paljudel auditikonsultantidel on teadmised teatud tüüpi auditite haldamisel ja õiglaste tulemuste saavutamisel. Müügimaksuauditi sisseostmine võib olla kulukas, kuid olenevalt asjaoludest võib see olla investeeringut väärt.