Mikrovetikate biokütus on alternatiivne kütuseallikas, mis on valmistatud vetikates leiduvatest õlidest ja süsivesikutest. Vetikatest biokütuse valmistamise protsess on kohandatud sarnaste biodiisli tootmismeetoditega, kasutades selliseid protsesse nagu ümberesterdamine ja kääritamine, et luua kütust taimedest, nagu mais ja sojaoad. Vetikate kasutamine biodiisli ja toornafta tootmiseks on sageli kuluefektiivsem, kuna hüdropooniliselt kasvatatud vetikad toodavad rohkem õli kui sarnased mullas kasvavad taimed.
Mikrovetikatest biokütuse valmistamise protsess on üsna lihtne. Vetikaid kasvatatakse avatud tiikides, suletud ahelaga süsteemides või fotobioreaktorites. Need vetikad kogutakse ja kuivatatakse mikrovetikate biokütuse valmistamise protsessis kasutamiseks. Seejärel ekstraheeritakse õlid vetikatest ja muundatakse ümberesterdamise teel biodiisliks või roheliseks toorõliks. Ülejäänud materjali kasutatakse bioetanooli või biobutanooli valmistamiseks kääritamisprotsessi abil.
Vetikakasvatusmeetodid on olnud biokütuste tootjate jaoks suureks murekohaks. Vetikad kasvavad teiste küttekultuuridega võrreldes kiiresti, saagikoristuse tsükkel on keskmiselt üks kuni kümme päeva. Kuigi vetikaid saab edukalt kasvatada ja koristada avatud tiikidest, on need tiigid saastunud. Suletud ahelaga süsteemid ja fotobioreaktorid on loodud välistama saastumise vältimiseks, kuid neil on omad puudused saagikoristuse raskuste, tegevuskulude ja alginvesteeringute näol.
Steriilse süsinikdioksiidi (CO2) pideva tarnimise nõudluse tõttu on paljud suletud ahelaga süsteemid ja fotobioreaktorid kavandatud olema sümbiootilistes suhetes tööstuslike suitsutorudega. Selles konstruktsioonis kasutavad vetikakasvatusseadmed uuesti tehase CO2 heitkoguseid, et soodustada vetikate kasvu biokütuse tootmiseks. Tuleb märkida, et kuigi mikrovetikatest valmistatud biokütust peetakse roheliseks alternatiivkütuseks, tekitab see ainult neutraalset CO2-heidet, kuna kasvufaasis kogutud CO2 eraldub biokütuse põletamisel. Biokütuste kasutamise eelis seisneb selles, et need CO2-neutraalsed kütused võivad kõrvaldada CO2-positiivsete fossiilkütuste põletamisel tekkiva täiendava atmosfääri CO2.
Mikrovetikatest valmistatud biokütuse kasutamine annab tööstustele ja tarbijatele mitmeid selgeid eeliseid. Biokütuste tootmiseks vetikaid kasvatades saavad tööstused vähendada oma mõju keskkonnale, saades sageli maksusoodustusi ja valitsuse subsiidiume, mis kantakse tarbijatele madalamate hindadena. Mõnel juhul saavad tööstused kasutada ja toota mikrovetikate biokütust samas läheduses, tarnides seega tehast kütusega, tekitades samas vetikate kasvatamiseks vajalikku CO2. Biokütuste kasutamise eeliseid võib näha ka vähenenud sõltuvuses fossiilkütustest ja madalamas kütusekulus, eriti lennundus- ja transporditööstuses.