Metafüüsika on lai filosoofia uurimisvaldkond, mis püüab mõista ja klassifitseerida eksistentsi sügavaimat olemust. Enamik suuremaid religioone püüavad samuti pakkuda selgitust selle kohta, kuidas ja miks üldse midagi ja eriti inimesed maailmas eksisteerivad. Metafüüsika ja religioon on seega seotud, sest religioon püüab sageli pakkuda metafüüsilist arusaama olemasolust. Teised nii metafüüsika kui ka religiooni jaoks olulised küsimused hõlmavad inimmõistuse olemust, vaba tahet ning Jumala olemasolu ja rolli.
Ainuke metafüüsikat ja religiooni kõige enam ühendav tegur on eksistentsi olemus fundamentaalsel tasandil. Näiteks materialist omab metafüüsilist seisukohta, et kõiki asju saab materiaalselt mõista ilma üleloomulike jõudude poole pöördumata. Religioossed usklikud seevastu kalduvad uskuma, et maailm eksisteerib tänu Jumalale või jumalatele. Panteistlik käsitlus metafüüsikast ja religioonist väidab, et “Jumala” ja “maailma” ideede vahel pole tegelikku erinevust.
Teine suur probleem, mida mõlemad kontseptsioonid käsitlevad, on vaba tahte küsimus. Teadusliku kindlusega ei ole teada, kas inimestel on tegelikult täielik kontroll oma tegude ja otsuste üle või mitte. Metafüüsikud püüavad uurida ja mõista, mida tähendab “vaba tahe” vastandina determinismile ja kas neid kahte on võimalik ühitada. Samuti püüavad nad esitada ratsionaalseid argumente vaba tahte poolt või vastu, tuginedes mõnikord tänapäeva teadusele. Erinevad religioonid seevastu toetuvad oma eetiliste süsteemide alustalaks kas vabale tahtele või determinismile.
Teoloogia on filosoofia alajaotis, mis on huvitatud Jumala ja jumaliku uurimisest. Sellisena kutsub see kaasa nii metafüüsika kui ka religiooni esindajad. Olulised küsimused teoloogias on Jumala olemasolu, Jumala tundmise võimalus ning Jumala roll universumi loomisel ja juhtimisel. Mõned metafüüsikud näiteks väidavad, et Jumalat pole olemas või et “jumala” idee viitab ainult ebaisikulisele loojale. Religiooniteoloogid seevastu vaidlevad sageli isikliku Jumala või nende konkreetsete religioonide poolt esitatud teoloogiliste vaadete poolt.
Nende mõistete uurimine põhineb paljudel erinevatel teguritel, millest paljud on pärit filosoofiast, ajaloost ja religioonist. Mõned religioonid näiteks heidutavad religioossete doktriinide kahtluse alla seadmist ja julgustavad pigem dogmaatilist kui kriitilist metafüüsikat. Akadeemilised filosoofid seevastu kalduvad arvama, et kõiki metafüüsika ja religiooni küsimusi saab ja tuleks uurida.