Metaboliidid on orgaanilised ühendid, mida kasutatakse või tekivad elusorganismide igas rakus toimuvates keemilistes reaktsioonides. See protsess, mida nimetatakse ainevahetuseks, vastutab toidu ja muude kemikaalide lõhustamise eest energiaks ja materjalideks, mis on vajalikud terviseks, kasvuks ja paljunemiseks. Ainevahetus vastutab ka mürgiste ainete eemaldamise eest organismist. Metaboliidid võivad olla nende keemiliste reaktsioonide lähtematerjalid, vahematerjalid või lõppsaadused.
Erinevad metaboliidid ja reaktsioonid annavad kokku kõik mõjud, mis võimaldavad organismil elu säilitada. Peamine metaboliit on selline, mis on otseselt seotud arengu, kasvu ja paljunemisega. Sekundaarsel metaboliidil on tavaliselt ökoloogilisem toime, näiteks pigmendid või antibiootikumid. Anaboolsed reaktsioonid kasutavad energiat, et ehitada lihtsatest molekulidest keerulisemad. Kataboolsed reaktsioonid lõhuvad kompleksseid molekule ja vabastavad sageli energiat.
Ainevahetusprotsessi lähteaineteks olevad ühendid sööb organism tavaliselt toiduga sisse. Need metaboliidid sisaldavad sageli vitamiine ja asendamatuid aminohappeid. Seejärel saab keha need jaotada lihtsamateks molekulideks või kasutada neid keerukamate molekulide ehitamiseks. Aminohapete muutmine keerukateks valkudeks on seda tüüpi metaboolse protsessi näide.
Vahemetaboliidid kipuvad olema ainevahetusprotsessis kõige levinumad. Neid saab sünteesida teistest metaboliitidest või jagada lihtsamateks ühenditeks. Nende lagunemisel toimub tavaliselt energia vabanemine. Glükoosi keemiliseks energiaks lagunemise protsess on võib-olla üks seda tüüpi reaktsioonidest kõige olulisem.
Lõppsaaduse metaboliidid kipuvad tekkima teiste ühendite lagunemisel. Tavaliselt erituvad need kehast ilma nende struktuuris täiendavate muutusteta. Enamasti ei saa neid kasutada millegi muu sünteesimiseks. Mõned toksiinid ja paljud ravimid tuleb enne kehast eemaldamist metaboliidideks lagundada.
Meditsiinilises mõttes viitavad metaboliidid sageli ravimite allaneelamise kõrvalsaadustele. Mõnikord on metaboliit ravimi toimeaine ja soovitud ravitoime saavutamiseks tuleb ravim esmalt metaboliseerida. Muul ajal põhjustab ravimi poolt tekitatud metaboliit kõrvalmõju, mis on sekundaarne ravimi soovitud toimele. Mõlemal juhul on ühendi lagunemiskiirusel otsene mõju ravimi toime intensiivsusele ja kestusele.