Märgalade kaitse on kõige elementaarsemal tasemel märgalade elupaikade säilitamine põlisrahvaste metsloomade ja taimestiku jaoks. See hõlmab arvukalt keskkonna- ja looduskaitsealaseid jõupingutusi, mille eesmärk on säilitada erinevate märgalade õrnad ökosüsteemid. Selliste alade all mõistetakse tavaliselt rabasid, soosid, soosid ja muid alasid, mille pinnas on piisavalt veega küllastunud, et toetada sellise keskkonnaga harjunud taimede ja loomade elu. Märgalade kaitsmisel on lisaks looduslike märgalade elupaikade säilitamisele kaugeleulatuvad tagajärjed, eriti ümbritsevatele aladele ja tööstustele.
Märgalade kaitsega seotud jõupingutustes osalevad arvukad kohalikud, piirkondlikud ja rahvusvahelised keskkonnarühmad ja valitsusasutused. Programmid ja algatused hõlmavad kliimamuutuste jälgimist; tööstuse mõju uurimine rannikuäärsetele riffidele, sisealadele ja muudele märgaladele; põlislooduse ravi haiguste vastu; ja piirangute seadmine märgalade läheduses vee hoidmisele või ehitamisele. Olenevalt konkreetsetest asukohtadest teevad mõned valitsusasutused ja mittetulundusühingud koostööd kohalike võimudega, et jälgida tammide ja muude taristuprojektide mõju ümbritsevatele märgaladele.
Märgalade kaitse eesmärk on tagada, et konkreetse piirkonna elusloodusel ja taimestikul on ökosüsteemi säilitamiseks kättesaadavad ressursid. Samuti püüab see tagada, et selle ökosüsteemi muudatused ei mõjutaks ebasoodsalt ümbritsevaid maid ja ökosüsteeme. Näiteks võib hüdroelektrijaama tammi ehitamine blokeerida pinnavee äravoolu ümbritsevatele märgaladele. Ilma vajaliku pinnaveeta võivad need märgalad kuivada, hävitades taimestiku ja tõrjudes välja eluslooduse. Märgalade kadumine mõjutab negatiivselt piirkonna kalandust, põllumajandust ja muid tööstusharusid, rääkimata keskkonnamõjudest ümbritsevatele aladele.
Konkreetsed märgalade kaitsemeetmed sõltuvad kohalikust geograafiast; toetatud pinnase, taimestiku ja eluslooduse tüübid; ning saadaolevat tuge ja ressursse. Teatud kohtades on erinevad probleemid, nagu süsinikdioksiidi heitkogused või kliimamuutused, mis nõuavad märgalade kaitseks teistsuguseid jõupingutusi kui mõnes teises piirkonnas, mida mõjutavad muud probleemid, nagu üleehitus või tööstusjäätmed. Täiendavaid jõupingutusi võib vaja minna märgalade puhul, mis on seotud rändlindude haiguste või teatud taimede või kahjurite ülepopulatsiooniga.
Inimkonna sekkumine paikkonnaspetsiifiliste probleemide lahendamiseks on iga märgalade kaitse algatuse keskmes. Loomade kaitse ja ohustatud loomade kaitse, elupaikade säilitamine ja märgalade ressursside kaitse on kõik märgalade kaitse olulised tegurid. Millised piirkonnad nõuavad kõige rohkem keskendumist, sõltuvad iga piirkonna konkreetsetest probleemidest ja vajadustest, kuid kõik jõupingutused on kavandatud kogu märgalade ökosüsteemi silmas pidades. Aladel, mis sõltuvad märgaladest ressursside osas, on tavaliselt suurim tähelepanu, samas kui märgalade ökosüsteemidest vähesel määral sõltuvad piirkonnad kipuvad kaitsealaseid jõupingutusi edasi lükkama, kuni mujal on oht tunda.