Looduslikku hambapastat kasutatakse mõnikord alternatiivina traditsioonilistele hambapuhastusvahenditele. Paljud inimesed eelistavad looduslikku sorti keemiliste vahutamis-, puhastus- ja valgendusainete puudumise tõttu. Looduslik hambapasta sisaldab sageli taimseid ja maapõhiseid koostisosi, nagu kaltsium, tsink, taimne glütseriin ja jõhvikaekstrakt. Looduslikus hambapastas ei kasutata üldiselt tehislikke koostisosi, nagu naatriumlaurüülsulfaat või propüleenglükool, sünteetiline naftakeemia, mida mõnikord kasutatakse külmumisvastastes ainetes.
Enamikus looduslikes hambapastades kasutatakse vahuainena taimseid koostisosi. Üks selline koostisosa on glütsürritsiin, lagritsajuurest saadud koostisosa. See ühend on ka 30–50 korda magusam kui tavaline lauasuhkur. Teine vahutav koostisosa, mida mõnikord kasutatakse looduslikus hambapastas, on naatriumkokoüülglutamaat. See koostisosa on keemiliselt sarnane naatriumlaurüülsulfaadiga, kuid on valmistatud glutamaadi aminohappest ja kookosõlist, mitte sünteetiliselt.
Looduslik hambapasta sisaldab tavaliselt mittekeemilisi magusaineid, näiteks ksülitooli. Ksülitool on looduslik taimne koostisosa, mis on kergelt magus ning aitab pärssida ja ennetada hambakattu ja hambaaukude teket. Stevia on veel üks võimalus looduslikuks magustamiseks. Stevia on lehttaim, mis maitseb palju magusam kui suhkur, kuid väidetavalt on see palju tervislikum. Mõnikord kasutatakse ka maisipõhist magusainet sorbitooli. Need koostisosad on tavaliselt traditsiooniliste magusainete, näiteks sahhariini, alternatiivid.
Naturaalses hambapastas sisalduvad valgendavad ained on tavaliselt taimsed ja mineraalsed. Kaltsiumkarbonaati, kivimitest ja mereloomade kestadest saadavat ainet, kasutatakse mõnikord valgendajana. Ränidioksiid, mida sageli leidub liivana, on teine koostisosa, mida mõnikord kasutatakse. Muud koostisosad võivad sisaldada bambusepulbrit või naatriumfluoriidi, mis on saadud maagi fluoriidist. Sellised koostisained asendavad traditsioonilisi valgendajaid, nagu kaltsiumperoksiid ja karbamiidperoksiid, mis on saadud vesinikperoksiidist ja loomsest karbamiidist.
Mõned looduslikud hambapastad on fluoriidivabad. Fluoriid aitab vältida hambaaukude teket ja hammaste lagunemist, kuid paljud tarbijad on muutunud skeptiliseks selle vajalikkuse suhtes hambapastas. Fluoriid võib liiga palju allaneelamisel inimest mürgitada. See võib olla eriti ohtlik, kui fluoriidi kasutatakse laste hambapastas, kuna lapsed neelavad hambapastat sageli hambapesu ajal. Peaaegu kõik traditsioonilised hambapastad sisaldavad fluoriidi, kuid paljud looduslike hambapastade tootjad teevad oma toodetest fluoriidivaba versiooni.
Lihtsat looduslikku hambapastat saab kodus valmistada, kombineerides tavalisi majapidamises kasutatavaid koostisosi. Söögisooda, soola, vee ja glütseriini segu saab kasutada nagu traditsioonilist hambapastat. Maitse parandamiseks lisatakse segule sageli piparmündiõli.