Kuuendat tšakrat, mida sanskriti keeles tuntakse ajna nime all, nimetatakse sageli kolmanda silma tšakraks ja väidetavalt asub see otsmikul, otse nina kohal. Kundalini ja teisi jooga vorme praktiseerivate inimeste sõnul on see tšakra keha vaimsete energiate keskus, mis on seotud täpse taju, mõistmise ja vaimse teravusega. Väidetavalt mõjutavad kuuenda tšakra energiad silmi, aju, käbikeha ja hüpofüüsi. Arvatakse, et selle tšakra tasakaalustamatus või ummistused põhjustavad migreeni, nägemise kaotust, ebameeldivaid unenägusid ja silmade väsimust. Joogakunstide praktikud usuvad, et positiivne mõtlemine, mantrate laulmine ning ümberpööratud ja tasakaalule orienteeritud joogapooside sooritamine võivad eemaldada kuuenda tšakra blokeeringud ja tasakaalustada selle energiaid.
Kuuenda tšakra energiatel on väidetavalt võimas mõju vaimule ja seeläbi ka endokriinsüsteemile. Jooga praktiseerijad usuvad sageli, et vaim ja keha on omavahel olemuslikult seotud, nii et vaimne seisund võib mõjutada füüsilist seisundit. Nende uskumuste kohaselt võib see, kes arendab positiivseid mõtteid ja rahulikku, kontrollitud meelt, tõenäolisemalt nautida head füüsilist tervist.
Arvatakse, et kolmanda silma tšakra vastutab reaalsuse tajumise ja mõistmise võime eest. Arvatakse, et kolmanda silma tšakra häired põhjustavad tajuhäireid ja reaalsusest lahtiühendamist. Arvatakse, et negatiivsed mõtted ja emotsioonid, nagu hirm, tulenevad kuuenda tšakra energiatasakaalu häiretest.
Paljud jooga praktiseerijad usuvad, et sobiv kehahoiak on kuuenda tšakra puhastamiseks ja selle energiate tasakaalustamiseks ülioluline. Arvatakse, et ebasobiv kehahoiak, kus pea lastakse ettepoole ulatuda, aitab kaasa kolmanda silma tšakra blokeerimisele. Väidetavalt on positiivsete mõtete ja uskumuste kasvatamine väga kasulik ka kolmanda silma tšakra õigeks toimimiseks. Väidetavalt on afirmatsioonid ja mantrad, mis kasutavad juurheli “om”, kasulikud kolmanda silma tšakra energiate koondamisel.
Inimesed, kes praktiseerivad hatha joogat, usuvad tavaliselt, et tasakaalule orienteeritud joogapoosid võivad kolmanda silma tšakrale kasu tuua. Arvatakse, et sellised poosid nagu tantsija poos aitavad meelt rahustada ja keskenduda. Arvatakse, et ka ümberpööratud poosid, nagu õlal seismine, rahustavad meelt ja toovad kasu kolmanda silma tšakrale.