Meditsiinis on konjugeeritud vaktsiin või konjugeeritud vaktsiin teatud tüüpi vaktsiin, mis luuakse antigeeni ühendamisel valgu molekuliga. Konjugeeritud vaktsiine kasutatakse tavaliselt imikute ja laste immuniseerimiseks teatud bakteriaalsete infektsioonide vastu. Väga noorte inimeste ebaküpsel immuunsüsteemil on sageli raskusi teatud antigeenide äratundmisega, mistõttu ei pruugi tavalised vaktsiinid mõne haiguse puhul olla tõhusad. Selle vaktsiini valguosa toimib antigeeni kandjana ja suurendab immunoloogilist vastust sellele. Sel viisil võib konjugeeritud vaktsiin olla imikute ja laste immuniseerimisel teatud bakterite vastu oluliselt edukam.
Need vaktsiinid on mõeldud laste nakatamiseks mõeldud bakteritüübid, mis on tavaliselt polüsahhariidkapslitega bakterid. Nendes bakterites kaitseb polüsahhariidimolekulidest koosnev limakiht bakteriraku pinnal olevaid antigeene. See muudab inimese immuunrakkudel ehk valgetel verelibledel bakterite äratundmise ja immunoloogilise rünnaku algatamise raskemaks. Seetõttu koosneb konjugaatvaktsiin tavaliselt polüsahhariid-antigeenist, mis on kombineeritud kandjavalguga. Antigeeni kombineerimine valguga tekitab aine, mis on inimvere valgelibledele kergemini äratuntav, mille tulemuseks on tugevam immuunvastus.
Kaks olulist vaktsiini laste tervishoius on pneumokoki konjugaatvaktsiin (PCV) ja meningokoki konjugaatvaktsiin (MCV). PCV-d kasutatakse paljudes riikides tavapäraselt laste bakteriaalse meningiidi, kopsupõletiku ja sellega seotud infektsioonide ennetamiseks. See vaktsiin ei kaitse immuniseeritud lapsi kõigi pneumokokibakterite eest. Seal on üle 90 erineva pneumokokibakteri liigi ja pneumokoki konjugaatvaktsiin kaitseb neist vaid seitsme eest. Need seitse bakteritüüpi põhjustavad aga suure osa rasketest pneumokokkhaigustest ja vaktsiin võib aidata ära hoida enamikku neist infektsioonidest.
Meningokoki vaktsiin on loodud laste kaitsmiseks erineva meningiidi tüve eest, mida põhjustab bakter nimega meningokokk. See toimib sarnaselt PCV-ga ja seda kasutatakse nii väikelaste kui ka kuni 18-aastaste noorukite immuniseerimiseks. Seda vaktsiini manustatakse tavaliselt lastele ja noortele täiskasvanutele, kes on kokku puutunud meningokoki bakteritüvega, näiteks kui koolis või kolledžis on esinenud meningiiti.