Kolonoskoopia ja endoskoopia viitavad praktiliselt samale protseduurile, kuid erinevus seisneb uuritavas kehaosas. Kolonoskoopia on lihtsalt endoskoopia spetsiaalne tüüp. Mõlemad on meetodid keha sisse vaatamiseks väikese toruga, mida nimetatakse endoskoobiks, kuid kolonoskoopia keskendub konkreetselt käärsoole uurimisele.
Nii kolonoskoopias kui ka endoskoopias nimetatakse protseduuris kasutatavat jäika või painduvat toru endoskoobiks. Endoskoobi otsas võib olla kaamera ja mõni vahend siseorganite või toru poolt läbitavate radade valgustamiseks. Lisaks on sellel sisseehitatud vahend kujutise edastamiseks tagasi kolonoskoopiat ja endoskoopiat hindavale arstile või tehnikule.
Mõlema protseduuri eesmärk on hankida võimalikult palju teavet, olles samas võimalikult väheinvasiivne. Paljudel juhtudel saab operatsiooni vältida, kasutades ühte neist tehnikatest või protseduurid võivad paljastada väärtuslikku teavet, mis näitab, et operatsioon on ainus võimalus patsiendi vaevuste ravimiseks. Kolonoskoopia ja endoskoopiaga kaasnevad väikesed riskid. Nende hulka kuuluvad valulikkus sisenemiskohas, sisemised või välised infektsioonid ja aeg-ajalt sedatsiooni kõrvaltoimed.
Kolonoskoopias sisestatakse käärsoole ja peensoole uurimiseks läbi päraku endoskoop. Endoskoop valgustab keha sisemust ja võimaldab diagnoosida käärsoole haavandeid või polüüpe. Protseduur võimaldab ka käärsoole kahtlaste kahjustuste biopsiat. Mõnel juhul saab kahjustusi täielikult eemaldada.
Endoskoopial võib üldiselt olla palju erinevaid rakendusi. Üks levinumaid on seedetrakti (GI) endoskoopia. GI endoskoopiaga saab uurida mao, söögitoru, kaksteistsõrmiksoole, peensoole, jämesoole (kolonoskoopia) ja sapijuha. Päraku ja pärasoole saab ka suurendada ja uurida endoskoobi abil.
Hingamisteed, kõrvad, kuseteede ja naiste reproduktiivsüsteem on samuti endoskoopiate tavalised sihtmärgid. Raseduse ajal saab endoskoopi kasutada amnioni (nn amnioskoopia) ja loote enda (fetoskoopia) uurimiseks. Need protseduurid ei nõua tavaliselt mingit tüüpi sisselõiget, kuid mõne elundi või suletud õõnsuse uurimine võib vajada väikest kirurgilist sisselõiget. Nii on tegemist vaagna- või kõhuõõne (laparoskoopia), liigese (artroskoopia) või rindkere organite (mediastinoskoopia või torakoskoopia) kontrollimisega.