Kiriku sihtkapital rahastab teenistust sissetulekut teenivate varade kaudu, mida hoitakse püsivalt. Kirikud loovad sihtkapitali põhikomponendi pärandite, toetuste ja annetuste kaudu. Nad võivad määrata selle haldamiseks töötajaid või sõlmida lepingu kogenud investeerimisjuhiga. Kogudused võivad eeldada aruandekohustust perioodiliste aruannete kujul sihtkapitali olukorra ja selle kasutamise kohta, et olla kindel, et rahalisi vahendeid käsitletakse vastutustundlikult.
Traditsioonilises kiriku sihtkapitalis ei saa puudutada kõike, mis siseneb pearahasse, mis võimaldab fondi suurust aja jooksul kasvada. Kõik väljamaksed pärinevad investeerimistuludest ja seega ei kahanda investeerimistegevuseks saadaolevat kapitali ega varasid. Fondi võib teatud eesmärkidel piirata, eriti kui tegemist on suure pärandiga, mida võidakse anda selliste tegevuste rahastamiseks nagu kiriku remont. Muudel juhtudel võivad kirikuametnikud otsustada, kuidas raha kasutada, ning neil võib olla otsuste tegemisel kasutada missioonikirjeldust ja põhimõtteid.
Seda tüüpi organisatsioonile ainulaadse kiriku sihtkapitaliga võib tekkida mitmeid juhtimisprobleeme. Esimene võib olla surve investeerida sotsiaalselt vastutustundlikult. Kirikud ei pruugi soovida investeerida majandussektoritesse, mida nad peavad kahjulikuks, näiteks relvatootjatesse või saastavate ettevõtetesse. Probleemiks võib olla ka mure kiriku pikaealisuse pärast, sest inimesed võivad vaielda selle üle, kuidas tuleks sihtkapitaliga ümber käia, kui kirik laguneb.
Arutelu teemaks võib olla ka vahendite asjakohane kasutamine. Kiriku sihtkapitali rahaga võib maksta personali, asendada instrumente ja rõivaid ning rahastada selliseid tegevusi nagu hoonete remont ja tarvikute ostmine. Mõned kirikud kasutavad oma raha kogukonna tegevustes osalemiseks ning võivad pakkuda koguduse või suurema kogukonna liikmetele stipendiume, toiduabi ja muid hüvesid. Kiriku sihtkapitali kasutamine võib sõltuda fondi suurusest, kuna kirikud tahavad olla kindlad, et neil on hädaolukordadeks vaja sissetulekuid.
Maksuseaduste kohaselt võivad kirikud saada erikohtlemist nende mittetulunduslike ja usuliste missioonide tõttu. Määrustega vastuolus olemise vältimiseks võib kirik teha koostööd raamatupidaja ja advokaadiga, et asutada kiriku sihtkapital ja juhtida seda asjakohaselt. Näiteks võidakse kirikutel keelata poliitiliste panuste tegemine ja seetõttu peavad nad kulud kindlasti dokumenteerima, et näidata, et sihtkapitalist saadud tulu ei kasutatud kampaania rahastamiseks.