Kääbuse põhjused on üsna erinevad, kuigi enamik on geneetilised. Kääbus ei pruugi olla pärilik, sageli tuleneb see spontaansetest mutatsioonidest ja seda võib teatud juhtudel ka omandada. Kui kellelgi on kääbus, võib soovitada testimist, et teada saada, miks, eesmärgiga tuvastada tüsistused, mida indiviid võib ohustada. See võimaldab inimestel saada nende vajadustele vastavat arstiabi.
Kõige sagedamini on kääbuse põhjuseks geneetiline häire. Inimestel võib esineda mutatsioone geenides, mis vastutavad luustiku arengu või hormoonide reguleerimise eest, mis viib lühikese kasvuni. Muud kääbuse põhjused võivad hõlmata neeruhaigust ja hormoonide tasakaaluhäireid, eriti neid, mis on seotud kilpnäärme ja hüpofüüsi hormoonidega. Sellistel juhtudel võib kääbus olla omandatud või päriliku geneetilise probleemi tagajärg. Kõigil juhtudel ei jõua kääbuse all kannatav laps ootuspäraselt füüsilise arengu verstapostidesse, kuigi tavaliselt kogeb laps normaalset kognitiivset arengut.
Ainevahetushäired võivad samuti põhjustada kääbust. Kui inimesed ei suuda toitaineid omastada, põhjustab see alatoitluse tagajärjel kääbust. Inimesed, kellel on sellised seisundid nagu tsöliaakia, võivad areneda lühikest kasvu. Ladustamishäired on veel üks kääbuse põhjustest, kuna keha sõltub füüsiliseks arenguks energia ja toitainete talletamisest. Inimestel, kes kogevad äärmist puudust ja alatoitumust, tekib ka kääbus, kuna nende keha ei saa kriitilistel arenguaastatel toitumistuge.
Geenitestide, vereanalüüside ja muude meditsiiniliste testide abil saab rohkem teada saada, miks laps ei arene ootuspäraselt. Perekonnas, kus on esinenud kääbust, võib olla suurem oht, et lapsed pärivad geenid, mis teadaolevalt põhjustavad kääbust, ning see võib tekitada muret lapse arstlikul hindamisel, kui laps ei kasva ootuspäraselt. Muudel juhtudel ei pruugi perekonna ajalugu ega ilmne seletus olla ning mõnikord on kääbuse põhjuste mõistmiseks vaja ulatuslikku testimist.
Mõned kääbuse põhjused on ravitavad ja kuigi arengupeetust ei saa tagasi pöörata, vähendab ravi tulevaste tüsistuste, nagu vähk ja kehaorganite puudulikkus, riski. Muudel juhtudel ei ole selle põhjuse jaoks ravi saadaval ja patsiendi hooldus keskendub patsiendile abitehnoloogia ja muude tööriistade pakkumisele, et navigeerida maailmas, mis on loodud palju suurematele inimestele. Kääbustõvega vanemad võivad oma haigusseisundeid arutada geneetilise nõustajaga, kui nad on mures haiguse edasikandumise pärast oma lastele.