Jõe elupaik viitab keskkonnale, milles elusorganismid saavad jões ja selle ümbruses ellu jääda. See võib viidata metsloomadele või taimedele. Enamik inimesi mõtleb kaladele, kui nad mõtlevad jõe elupaigale, mis on tõsi; kalad elavad sageli seda tüüpi elupaikades. Kuid ka teised elusloodused, näiteks vees, kivimites või pinnases elavad mikroskoopilised olendid, kutsuvad jõgesid koduks. Lisaks elab jõesängi ääres ja jõekülgedel palju erinevat tüüpi taimi, mis võivad toimida väiksemate elupaikadena.
Elupaikade ja ökosüsteemide puhul on oluline meeles pidada, et kõik on omavahel seotud. Jõeelupaika võib vaadelda kui ühte suurt elupaika või kui rida väiksemaid elupaiku, millest igaüks sõltub teisest, et korralikult toimida. Selle tulemusena võivad paljud asjad mõjutada jõe elupaika; muutused jõekaldal või jõe kallastel kasvavad taimed võivad kaasa aidata erosioonile. Sademevee äravoolust tulenev reostus võib samuti negatiivselt mõjutada elupaika, samuti inimesi, kes risustavad ja viskavad prügi pigem maapinnale kui prügikasti. Jõe soolsuse ja temperatuuri muutused võivad avaldada mõju ka jõe elupaikadele.
Iga jõe elupaiga edukaks toimimiseks on üldiselt vaja laia valikut taime- ja metsloomaliike. Seda seetõttu, et ökosüsteemides eksisteerivad toiduahelad, mida nimetatakse ka troofilisteks tasemeteks. Jõe elupaigas leiduvate taime- ja metsloomade liigid varieeruvad suuresti olenevalt maailma piirkonnast, kus jõgi leidub. Kalad, plankton ja putukad on ühed levinumad; imetajad, nagu koprad, võivad samuti jõe äärde elupaiku rajada. Teised metsloomad, näiteks hirved, võivad jõge kasutada ka puhta joogivee allikana.
Metsloomad võivad oma jõgede elupaikadest välja minna, et otsida toitu või muul eesmärgil. Jõe elupaik on üldiselt koht, kus nad naasevad turvaliselt magama, kogutud toitu hoidma või potentsiaalsete kiskjate eest varjatuks. Nendel põhjustel on oluline olla jões ja selle ümbruses kalastades või mängides ettevaatlik ning olla teadlik kõigist läheduses olevatest võimalikest elupaikadest. Täiendava ettevaatusega tagatakse, et elupaiku ei kahjustata ja need jäävad metsloomadele turvaliseks elupaigaks.