Jaapani mütoloogia keerleb peamiselt šinto religiooni ümber ja hõlmab tuhandeid jumalaid, jumalannasid ja vaime. Tegelikult on šintoistlike uskumuste kohaselt igal looduses esineval objektil, alates väikseimast kivist kuni suurima puuni, oma vaim; see võib võhiku jaoks muuta uskumuste süsteemi peamiste elementide mõistmise pisut üle jõu käivaks. Vaatamata suurele arvule jumalustele Jaapani mütoloogias, mängivad mõned põhijumalad siiski suurt rolli, sealhulgas Amaterasu, Hachiman ja Susano.
Shinto religioonis nimetatakse jumalusi “kami”. Mõiste on aga midagi enamat kui lihtsalt jumaluste nimi, see tähistab ka elujõudu, mis väidetavalt voolab läbi kõigi maailma olendite ja loodustükkide. Pärast surma saavad inimvaimud kamideks ja selle austamiseks maetakse kõige mõjukamad kodanikud sageli ühte paljudest kogu Jaapanis leiduvatest pühamutest, et usklike pühendumus nendeni jõuaks.
Susano, tormide kami, on vääramatult seotud Jaapani keskkonnaga. Jaapanit ümbritseb vesi ja mõnikord võib see vesi olla eriti kare, andes teed tugevatele taifuunidele ja tohututele tsunamidele. Jaapan on osa Vaikse ookeani tulerõngast, mida kasutatakse maavärinate ja vulkaanipursete piirkonna kirjeldamiseks. Arvatakse, et Susano hoolib maast ja selle inimestest vähe.
Amaterasu on Jaapani mütoloogias päikese ja viljakuse kami ning üks olulisemaid kami. Ta mängib suurt rolli valguse loomisel, mis võimaldab riisipõldudel, mis on üks Jaapani peamisi põllukultuure, igal hooajal kasvada. Tema lapselaps Ninigi no Mikoto on väidetavalt Jaapani esimese jumaliku keisri Jimmu Tenno vanaisa. Kuigi keiser Jaapanit enam ei valitse, on kuningliku perekonna sümboolne roll rahva jaoks väga oluline.
Hachiman on eelkõige sõja ja sõdalaste kami, kuid teda kummardavad ka kalanduses ja põllumajanduses töötavad inimesed. Samuraid, kõrgelt koolitatud ja raevukalt lojaalsed Jaapani sõdalased, otsivad Hachimanilt kaitset. Ta on üks populaarsemaid jumalusi Jaapanis, temale on pühendatud tuhandeid pühamuid kogu riigis.
Jaapani mütoloogias on ka arvukalt lugusid kurjade vaimude kohta ja enamik riigis läbiviidavaid rituaale on mõeldud selleks, et takistada neil vaimudel kahju tekitamist. Üks populaarne rituaal leiab aset enne aastavahetust, mil jaapanlased koristavad oma kodu ja pühivad luudaga kurjad vaimud minema. Seedrilehti võib asetada ka Jaapani kodu sissepääsu kohale, et hoida eemale Amazake-babaa, eakas naine, kes toob haiguse kõigile, kes koputavad uksele.