Infektsiooni põhjustab võõraste rakkude, näiteks inimeste bakterite sissetung, mis kahjustavad peremeesorganismi. Üldiselt peetakse peremeesorganismi “koloneerituks” rakkude poolt, mis ei kuulu temasse. Need võõrrakud peavad olema peremeesorganismile kahjulikud, et koloniseerimist saaks pidada infektsiooniks.
On palju juhtumeid elusolenditest, kes saavad kasu teiste rakkude koloniseerimisest. Kahel eraldiseisval organismil võib olla üksteisega sümbiootiline suhe, mis ei kahjusta kumbagi organismi. Teise võimalusena ei pruugi rakkude (või parasiitide) koloonia peremeesorganismile mõju avaldada, kuid see võib kolooniale kasulik olla. Näiteks stafülokokk- ja streptokoktereid leidub tavaliselt inimeste ja enamiku imetajate nahal. Kui bakterid inimest või looma haigeks ei tee, pole tegemist infektsiooniga.
Nakkustekitajaid on palju erinevaid. Mitte ainult bakterid, vaid ka viirused, parasiidid ja seened võivad peremeesorganismile probleeme tekitada. Mõnikord töötavad need mitte-peremeesrakud tegelikult koos, et vältida nakatumist. Näiteks kui teil on kurgupõletik, antakse teile sageli antibiootikume. See on suurepärane streptokokkide rakkude hävitamiseks. Probleem on selles, et inimeste kehas on ka teatud hulk seenrakke, mida nimetatakse pärmseenteks.
Kui tavalised nahabakterid ja pärmseened esinevad koos, ei tekita need inimestele probleeme. Inimkeha vastu võitlemise asemel võitlevad nad üksteisega, nii et iga koloonia tase püsib tasakaalus. Kui segusse satuvad antibiootikumid, võite lisaks nakkuslikele bakteritele tappa ka häid baktereid, mis hoiavad pärmseene taset kontrolli all. See võib põhjustada seen- või pärmnakkust, kuna kolooniate tasakaal on rikutud. Antibiootikumid võivad põhjustada ka maoärritust või kõhulahtisust, kuna kasulikud bakterid elavad ka soolestikus ja võivad neid hävitada.
Teised infektsioonid tekivad siis, kui võõrkoloonia äkitselt sisse tuuakse. Inimesed, kes reisivad riikidesse, kus joogivesi sisaldab suures koguses parasiite, võivad oma kehasse tuua spetsiifilisi parasiite. Reisija kõhulahtisust põhjustab tavaliselt parasiitide või bakteriaalsete ainete vastuvõtmine kehas. Teise võimalusena võivad parasiitained, nagu paelussid, kehas kasvades järk-järgult inimesi kahjustada. Seda peetakse parasiitinfektsiooniks.
Mõnikord põhjustab teiste organismide esialgne koloniseerimine peremeesorganismile vähe kahju. Paelussid võivad inimestel elada aastaid, ilma et inimesel oleks mingeid sümptomeid. Kuid lõppkokkuvõttes põhjustavad paelussid kahju, nii et kui need avastatakse, võtavad inimesed tavaliselt spetsiaalseid ussitapvaid ravimeid, et paelussid kõrvaldataks.
Enamikul juhtudel on nakkuse mõistmise võti mõiste “kahju peremeesorganismile”. Olenemata sellest, kas seda kahju põhjustab praegu koloonia või koloniseerimise võimalik põhjus, vajavad infektsioonid sageli arstiabi. Ainus erand sellest ilmneb olukordades, kus inimesi koloniseerivad mööduvad viirusekolooniad. Üldiselt võitleb tervete inimeste keha infektsiooniga, nagu külmetushaigusega, ja on sageli edukas. Mõne viirusega, nagu HIV, ei suuda keha edukalt võidelda ja nad vajavad suuri annuseid viirusevastaseid ravimeid, et vältida või aeglustada viiruse märkimisväärset kahju tekitamist. Mõned viirused jäävad ravile resistentseks, näiteks Lääne-Niiluse viirus ja Ebola viirus.