Immuunkompleks, tuntud ka kui antigeen-antikeha kompleks, tekib antikeha sidumisel antigeeniga. Antigeen on mis tahes aine, mis on võimeline panema kehas antikeha tootma. Näited hõlmavad kehale võõraid toksiine, mikroorganisme ja valke. Antikeha on spetsiifiline immuunvalk, mis toodetakse organismis antigeeni tõttu. Immuunkompleksi molekulid aitavad haigustega võidelda, kuid mõnikord moodustavad indiviidid autoantikehi, mis ründavad inimese enda kudesid ja põhjustavad autoimmuunhaigusi.
Antigeeni ja antikeha sidumine on terve immuunsüsteemi oluline osa. Näiteks kui inimene puutub kokku haigust põhjustava organismiga, põhjustavad valged verelibled, tuntud ka kui B-rakud, antikehade tootmist. Uus molekul, mis koosneb antigeeni ja antikeha sidemetest, on immuunkompleks. Tavaliselt eemaldavad need molekulid põrna makrofaagid ja maksa Kupfferi rakud. Makrofaagid, termin, mis koosneb kreekakeelsetest sõnadest suured ja sööjad, on valged verelibled, mis asuvad kudedes.
Fagotsüüdid ehk makrofaagid tarbivad ja seedivad immuunkompleksi molekule. See on oluline nii kaasasündinud kui ka adaptiivse immuunsuse tagamisel. Üks makrofaag võib enne surma süüa rohkem kui 100 bakterit. Kui makrofaagid või Kupfferi rakud immuunkompleksi klastreid ei eemalda, jätkavad nad ringlemist. Lõpuks jäävad nad inimkudedesse kinni ja võivad põhjustada autoimmuunhäireid, infektsioone ja pahaloomulisi kasvajaid.
Kui immuunkompleksi molekulid kogunevad vereringesse või kudedesse, võivad tekkida paljud erinevad haigused. Mõned hästi tuntud on I tüüpi diabeet, Crohni tõbi, psoriaas, malaaria ja viirushepatiit. I tüüpi diabeedi korral põhjustab antigeen-antikeha kompleks pankrease insuliini tootvate beetarakkude autoimmuunse hävimise. Kui molekulid põhjustavad autoimmuunhaigust, mis põhjustab soolepõletikku, nimetatakse seda Crohni tõveks.
Guillain-Barré sündroom, Addisoni tõbi ja Sjogreni sündroom on samuti vähem tuntud autoimmuunhaigused. Kokku on rohkem kui 80 autoimmuunhaigust. Mõned teadlased usuvad, et krooniline väsimus ja fibromüalgia võivad olla haigused, mille põhjustavad immuunkompleksi molekulid, mida kehast tõhusalt ei eemaldatud.
Paradoksaalsel moel võivad immuunkompleksi molekulid aidata kehal terve immuunsüsteemi toimimist või kahjustada. Antigeeniga seonduv antikeha võib olla väga kasulik haiguste vastu võitlemisel või toksiinide eemaldamisel kehast. Terve immuunsüsteem sõltub nende molekulide moodustumisest. Kui aga makrofaagid või Kupfferi rakud neid molekule kehast välja ei filtreeri, võib tekkida palju erinevaid haigusi.