Hüpotees on seletus nähtusele, mida saab mingil viisil testida, mis ideaalis kas tõestab või lükkab ümber. Testimise ajaks peetakse hüpoteesi tõeseks ja uurija eesmärk on selle tingimusi rangelt testida. Mõiste on teadusliku meetodi väga oluline osa ja see kehtib ka teistes distsipliinides. Näiteks on mõned ajaloolased esitanud hüpoteesi, et Salemi nõiaprotsesside põhjuseks oli tungalteraga saastunud terade tarbimine, mille tagajärjeks oli massiline hüsteeria.
Kui keegi sõnastab hüpoteesi, teeb ta seda kavatsusega seda kontrollida ja ta ei tohiks enne hüpoteesi püstitamist teada potentsiaalsete testide tulemusi. Hüpoteesi sõnastamisel peetakse sageli silmas teadusliku meetodi ideaale, mistõttu on see loodud nii, et see oleks testitav viisil, mida teised inimesed saaksid korrata. See on ka selge ja lihtne ning hüpotees tugineb teadaolevale teabele ja arutluskäikudele.
Hüpotees ei pea olema õige või vale, kuid selle sõnastaja peab olema valmis teooriat selle piirini testima. Kui keegi oletab, et kokkupuude X-ga põhjustab näiteks Y-d laborirottidel, peab ta uurima, kas kokkupuude muude asjadega põhjustab ka Y-d. Kui teadlased avaldavad hüpoteesi toetavaid tulemusi, kirjeldavad nad sageli samme, mida nad ümberlükkamiseks astusid. see ja ka sammud, mis seda kinnitasid, et muuta juhtum palju tugevamaks.
Mõnel juhul osutub hüpotees valeks ja seda peetakse täiesti vastuvõetavaks, sest see edendab ikkagi teaduse eesmärki. Näiteks ülaltoodud näites, näidates, et kokkupuude X-ga ei põhjusta Y-d, võib teadlane illustreerida, et Y kohta on vaja täiendavaid uuringuid. Selles näites ei tähenda asjaolu, et hüpotees on vale, tingimata, et aine X on ohutu, sest aine X võib siiski põhjustada midagi muud.
Samuti on võimalik, et hüpotees osutub pärast testimist ebaselgeks. Selle põhjuseks võib olla asjaolu, et teadlasel puuduvad testimiseks vajalikud tööriistad, mis viitab sellele, et idee testimiseks võiks tulevikus kasutada täiustatud teaduslikke tehnikaid. Selle põhjuseks võib olla ka teabe puudumine või hüpotees, mis on lihtsalt halvasti vormistatud ja raskesti kontrollitav.