Hüpotalamuse poolt otseselt kontrollitav hüpofüüs koosneb erinevatest piirkondadest, mis eritavad hormoone, kontrollides erinevaid kehaprotsesse. Hüpofüüsi anatoomias, mida tehniliselt nimetatakse hüpofüüsiks, on oasuuruse struktuuri osana kolm laba; eesmine, vahepealne ja tagumine sagar. Igaüks neist toodab eraldi hormoonide komplekti, moodustades samal ajal näärme erineva struktuurikomponendi. Hüpofüüsi eesmist osa nimetatakse adenohüpofüüsiks, samas kui hüpofüüsi tagumist osa nimetatakse neurohpofüüsiks. Närvikiudude kimp suunatakse läbi tagumise osa, mis kulgeb hüpofüüsi eesmise osa taga; hüpotaalamuse närviaksonid sisenevad seejärel eesmisse sektsiooni.
Kuigi need on hüpofüüsi anatoomias keeruliselt seotud, pärinevad eesmised ja tagumised segmendid embrüo erinevatest piirkondadest. Sellegipoolest on need omavahel keerukalt ühendatud närvirakkude ja veresoonte võrguga. Hüpotalamuse hormoonid sisenevad verre hüpofüüsiarteri kaudu ja erinevatesse kapillaaridesse, mis viivad hüpotalamuse-hüpofüüsi portaalveenidesse. Need hargnevad hüpofüüsi eesmises kapillaaride võrguks, kuhu hüpofüüsi hormoonid sisenevad mõlemast sektsioonist ja üldisesse vereringesse. Veresoonte struktuur võimaldab ka hüpotaalamuse hormoonidel siseneda hüpofüüsi eesmisse osasse, kuid mitte välja filtreerida üldisesse verevarustusse.
Hüpofüüsi põhiülesanne on hormoonide vabastamine ajust kehasse. Selle eesmine sagar toodab kõige rohkem hüpofüüsi anatoomia hormoone, sealhulgas neid, mis on mõeldud kasvuks, piimatootmiseks ning neerupealiste ja kilpnääre stimuleerimiseks. Samuti toodetakse teisi hormoone, mis on suunatud munasarjadesse ja munanditesse. Hüpofüüsi vahesagaras vabastab ainet, mis stimuleerib melanotsüüte, mis kontrollivad naha pigmentatsiooni. Tagumises lobus toodetakse hormooni, mis võimaldab neerudel tõsta vee verre imendumise taset, samuti hormooni, mis kontrollib emaka kokkutõmbeid ja piima tootmist.
Mikroskoobiga on näha, et hüpofüüsi anatoomia koosneb kolmest rakutüübist. Atsidofiilid, basofiilid ja kromofoobid eristuvad nende keemilise koostise ja igas rakus leiduvate hormoonide järgi. Hüpofüüs asub ajupõhjas sella turcica sees, mis on kolju põhjas paiknev süvend. Oma struktuurilt ja koostiselt eristatav hüpofüüsi anatoomia võimaldab näärel saata vajalikke signaale igale teisele endokriinsüsteemi näärmele, juhtida paljusid funktsioone.