Hüdropooniline ventilaator on ventilatsiooniabi, mida kasutatakse optimaalse temperatuuri ja niiskuse taseme säilitamiseks suuremates või halvasti ventileeritavates hüdropoonikaaedades. Valitud ventilaatori suurus ja võimsus sõltuvad paljudest teguritest, nagu ruumi suurus, kasvatatavate taimede tüübid ja kasutatava valgustuse tüüp. Ideaalne hüdropooniline ventilaatori paigaldamine koosneks kahest seadmest, millest üks tõmbab värsket õhku väljastpoolt aiapiirkonda ja teine, mis toimib väljatõmbepunktina, kuigi enamikul juhtudel piisab ühest ventilaatorist. Ventilaatori paigutus sõltub ka mitmest tegurist, kuna mõned aiad nõuavad suuremat sisseehitatud paigaldust ja mõned saavad hakkama ainult lauaventilaatoriga. Hüdropoonilised aednikud, kes leiavad, et vajavad ventilaatorit, peavad võib-olla tegema väikese katse-eksituse katse, et leida oma aeda õige ventilaator, kuid pingutus on seda väärt.
Hüdropooniline aiandus on mullavaba aiandus ja seda tehakse peaaegu eranditult suletud ruumides. Neile, kellel pole selleks ehitatud kasvuhoone luksust, võetakse tavaliselt aiapinnana kasutusele kuur, kelder või isegi ruum majas. Kuna parimad tulemused saavutatakse taimede kasvatamisel võimalikult looduslikus keskkonnas, esitab suletud ruumi aiandus mitmeid ainulaadseid väljakutseid. Suurim probleem, millega hüdropoonilise aia rajamisel võidelda, on päikesevalguse simuleerimine. Iroonilisel kombel toob see tavaliselt kaasa teise kaalutluse, ventilatsiooni, kuna enamik tulesid tekitab üsna vähe soojust.
Keskmise hüdropoonika aedniku jaoks on lihtsaim viis selle probleemi lahendamiseks ruumi sundtuulutamine ühe või mitme ventilaatori abil. Need võivad olla spetsiaalselt kavandatud hüdropoonilised aiatooted või tagasihoidlikud arvutifännid, sõltuvalt aedniku individuaalsetest vajadustest ja eelarvest. Parim valik hüdropoonilise ventilaatori seadistamiseks on selline, mis tõmbab piirkonnast välja roiskunud sooja õhu, mitte ei lase seda lihtsalt ringlema. Seetõttu on kanalitega väljatõmbeventilaatorid sageli parim valik aknaga või, kui ehitus võimaldab, seinapaigaldiste kaudu, mis võidavad esikoha. Muidugi tuleks varustada sobiv värske õhu sisselaskeava, ideaaljuhul otse väljatõmbepunkti vastas.
Hüdropoonilise ventilaatori suurus ja pinge sõltuvad keskkonnatingimustest, suurusest, valgustusest ja aia sisust. Võrgupingega ventilaatoreid on lihtsam paigaldada ja need nõuavad vähem seadmeid, kuid madalpingeventilaatorid on ohutumad ja sama tõhusad. Ventilaatori võimsust saab arvutada põrandapinna, valgustuse, tehasetüüpide ja soojusisolatsiooni väärtuste kohandatud tabelite abil; enamikul juhtudel on vajalik teatud hulk katse-eksituse meetodil katsetamist. Parim nõuanne uute paigalduste puhul on alustada suurelt, st ventilaatoreid on lihtsam segamini ajada kui turgutada. Kui aga kahtlete, on veeaednikel vedanud, et neil on hüdropoonilise ventilaatori valimisel palju ressursse ja kogemusi.