HPV inkubatsiooniperiood on ajavahemik, mis jääb inimese enam kui 100-st inimese papilloomiviirusest ühega kokkupuutumise ja sümptomite esmakordse ilmnemiseni. Need sümptomid on tavaliselt kas tüükad suguelunditel või ebanormaalsed vähktõbe põhjustavad nahakasvud peenisel või emakakaela piirkonnas. Täpset inkubatsiooniperioodi on raske määrata, kuna see varieerub oluliselt isegi samade viirusetüüpide puhul. Kuigi paljudel patsientidel võivad sümptomid ilmneda kahe kuni kolme kuu jooksul pärast kokkupuudet, ei teki mõnikord esimesi sümptomeid mitu aastat. Teiseks võib HPV inkubatsiooniperioodi lõpp vahele jääda, kui ei tehta regulaarseid uuringuid, nagu PAP-määrded, kuna nende viiruste vähki põhjustavatel vormidel ei pruugi esialgu olla ilmseid tunnuseid. Seetõttu soovitatakse naistel, kes seksivad mitme partneriga, tavaliselt 30. eluaastates, teha iga-aastaseid PAP-proove, mis võimaldavad tuvastada HPV tüüpe, mis põhjustavad emakakaelal ebatavalisi nahakasvamisi, ja aidata varakult avastada emakakaelavähki.
HPV inkubatsiooniperioodi ebakorrapärasus on keeruline. Inimesed, kes on viirusega kokku puutunud, peavad võib-olla ootama mitu aastat, enne kui saavad aru, et nad on nakkavad või mitte. Teise võimalusena, kui patsientidel ilmnevad mõne neist viirustest nähud, ei pruugi neil olla võimalust teada, millal nad sellesse nakatusid. Patsient võis kokku puutuda kuu aega tagasi, aasta tagasi või kauem, soovitades teavitada kõiki partnereid vähemalt viimase kahe aasta jooksul.
Üldjuhul on nende viiruste varajased tunnused palju lihtsam tuvastada kui HPV stabiilse inkubatsiooniperioodi kindlaksmääramine. Soovitus regulaarseks PAP-määrimiseks on oluline osa avastamisel, kuid väärtuslik on uurida ka väliseid suguelundeid ja teatada arstidele tüügaste tunnustest, mis võivad olla üksikud või võivad koos kasvada. Need, kes arvavad, et võisid HPV-ga kokku puutuda, peaksid varakult arsti poole pöörduma ning sisemiste suguelundite või tupe ja päraku füüsiline läbivaatus võib paljastada tüükad, mis ei ole kohe nähtavad.
Lihtne on eeldada, et tüükad viitavad sellele, et HPV inkubatsiooniperiood on lõppenud HPV vähivastase vormiga. Seevastu suurendab kondüloomide esinemine inimestel nende viiruste vähivormide riski, kuna need suurendavad üldist riski, et patsiendid on kokku puutunud rohkem kui ühe HPV vormiga. Mis tahes tüüpi suguelundite HPV avastamisel tuleb täpselt järgida arsti soovitusi jätkuvate kontrollide kohta.
Kõige vähem haigestuvad HPV-sse need, kes ei ole seksuaalselt aktiivsed või kes on pikaajalises monogaamses partnerluses. Neil, kes kõige tõenäolisemalt nakatuvad ühte või mitmesse neist viirustest, on mitu seksuaalpartnerit. Meeste või naiste kondoomide kasutamine võib aidata riski vähendada. Teine lähenemisviis on nakatada inimesi viiruse vastu, mis võib aidata ära hoida mõnda HPV vähimatki vormi, kuid see on saadaval ainult naistele.