Hipokampus on aju limbilise süsteemi struktuur ja näeb välja veidi nagu tagurpidi merihobune, mis on näoga pea esiosa poole. Sümmeetriline hipokampuse anatoomia peegeldub mõlemas ajupoolkeras. Struktuur vastutab teabe edastamise eest talamusele ja sellel on mõju ruumilisele teadlikkusele, mälule ja õppimisele.
Limbilise süsteemi osa, hipokampus, asub sügaval ajus. Hipokampus on jagatud kaheks sümmeetriliseks pooleks ajus vasakul ja paremal. See on mähitud ümber taalamuse, teise limbilise süsteemi struktuuri, mis asub aju keskpunkti lähedal. Nii hipokampuse kui ka talamuse kohal paiknevat struktuuri tuntakse corpus callosumi nime all.
Hipokampus koosneb mõnest võtmestruktuurist. Selle alust, mis on selle kõige laiem punkt, nimetatakse õigeks hipokampuseks ehk cornu Ammoniseks ja see on osaliselt ümbritsetud teise hipokampuse osaga, mida nimetatakse alveuks. Subiculum on hipokampuse osa, mis hakkab õhenema ja kõverdub talamuse tipu poole. Talamuse tipus asub hipokampuse osa, mida nimetatakse fimbriaks. Fornix on hipokampuse õhem osa ja ka koht, kus see struktuur ühendub talamusega, otsmiku taga.
Elektrilist teavet kogub õige hipokampus. Kui teave siseneb õigesse hipokampusesse, liigub see hipokampuse anatoomia teise ossa, mida nimetatakse koroidpõimikuks. See struktuur algab tegeliku hipokampuse keskelt ja järgib spiraali läbi subiculumi, fimbria ja fornixi kuni taalamuseni.
Hipokampuse forniks on ülaosas ühendatud, kui see tuleb üle taalamuse. Mõlemad küljed suruvad kokku, kuid eralduvad uuesti, et ühendada nii taalamuse parema kui ka vasaku sagaraga. Ühendust fornixi kahe külje vahel tuntakse hipokampuse kommissuurina.
Hipokampuse anatoomiat on kasulik mõelda kui tagurpidi pööratud merihobust. Tõepoolest, nimetus hipokampus tuleb kreeka keelest hobuse, jõehobu ja merekoletise ülikoolilinnaku kohta. Hipokampus on alumises osas lai ja paks, nagu merihobuse pea. Taalamuse ümber mähkides hõreneb see forniksiks, mis näeb välja sarnane merihobuse sabaga. Kaks sellist “merihobust” tiirlevad ümber taalamuse, kuna hipokampuse anatoomia on sümmeetriline.