Hipokampus, mis sai sellise nime, kuna selle kuju meenutab ähmaselt merihobust, vastutab pikaajaliste mälestuste kodeerimise ja ruumilise navigeerimise abistamise eest. See on üks fülogeneetiliselt vanimaid aju osi ja esimene osa, mis valiti kunstlikuks ajuproteesiks. Hipokampust seostatakse teatavasti episoodiliste mälestuste konsolideerimisega, mis on mälestused isiklikult kogetud sündmustest ja nendega seotud emotsioonidest. Vastupidiselt abstraktsete faktide ja nende seoste semantilistele mälestustele saab episoodilisi mälestusi kujutada lugudena. Hipokampuse kahjustuse tulemuseks on võimetus moodustada uusi pikaajalisi episoodilisi mälestusi, kuigi uusi protseduurilisi mälestusi, nagu motoorseid järjestusi igapäevaste toimingute jaoks, võib siiski õppida.
Skisofreenia ja teatud tüüpi raske depressiooni korral väheneb hipokampus. Hipokampus on tuntud ka kui üks kõige paremini struktureeritud ja uuritud ajuosa, mistõttu valiti see proteesi emuleerimiseks. Kuigi täpsed närvialgoritmid pole teada, on need tervikuna modelleeritud. Kuna hipokampus on nii vana, on seda evolutsiooni käigus palju optimeeritud ja see on kõigi imetajaliikide puhul põhimõtteliselt sama. Seetõttu oli tserebrospinaalvedelikus suspendeeritud rottide hipokampuse põhjaliku uurimise kaudu võimalik kujundada hipokampuse protees.
Navigeerimiseks sisaldab hipokampus “koharakke”, mis aktiveeruvad olenevalt looma tajutavast asukohast. Võib väita, et need rakud eksisteerivad hipokampuses, kuna praeguse asukoha määramiseks põhilisemate muutujate, nagu orientatsioon ja kiirus, põhjal tuleb kasutada mälestusi. Nende koharakkude aktiveerumist on täheldatud virtuaalreaalsuse linnades navigeerivatel inimestel. Paljude ruumilise navigeerimise ülesannete jaoks on vaja tervet hipokampust. Hipokampust seostati algselt valesti haistmismeelega, mida tegelikult töötleb haistmisajukoor.