Inimese seedetrakt algab suust ja ulatub pärakusse. Soolefloora viitab seedetraktis elavatele mikroorganismidele. Need mikroorganismid on üldiselt kahjutud. Nende jaotus varieerub sõltuvalt soolestiku asukohast ja üksikisikute vahel. Nad mängivad olulist rolli soolestiku kaitsvas, struktuurses ja metaboolses toimimises.
Bakterid on domineerivad mikroorganismid soolestikus. Nad domineerivad nii distaalse peensoole tühisooles ja niudesooles kui ka jämesooles. Happelised, pankrease ja sapi sekretsioonid takistavad nende koloniseerimist maos ja proksimaalse peensoole kaksteistsõrmiksooles. Aeroobsed bakterid, nagu aeroobsed laktobatsillid ja enterokokid, on tühisooles domineeriv soolefloora ning niudesooles ja jämesooles domineerivad anaeroobsed bakterid, nagu bifidobakterid, Escherichia coli ja anaeroobsed laktobatsillid. Täiskasvanud soolestikus võib esineda mõningaid muutusi bakterite populatsioonis vanuse, toitumise, elustiili ja keskkonna muutumisel.
Tavalistes tingimustes on inimperemeesorganismil ja selle sooleflooral sümbiootiline suhe, kus mõlemad on üksteisele kasulikud. Inimperemees tagab soolefloorale toidu ja stabiilse keskkonna. Samal ajal pakub soolefloora oma inimperemehele kasu, takistades kahjulike bakterite koloniseerimist soolestikus, ennetades soolepõletikku, aidates kaasa immuunsüsteemi arengule, soodustades toidu ja vee imendumist ning sünteesides vitamiine K ja B12.
Kahjulike bakterite kasvu takistatakse barjääriefekti kaudu, mis tähendab, et soolestiku mikrofloora kinnitumine soole limaskestale konkureerib kahjulike bakteritega ja pärsib nende sissetungi. Selle rolli soolepõletike ennetamisel ja immuunsüsteemi arengule kaasaaitamisel omistatakse soolestiku mikrofloora võimele stimuleerida soolestiku lümfoidkudesid kahjulike bakterite vastaseid antikehi tootma. Lümfoidkudede kasvu võib põhjustada ka lühikese ahelaga rasvhapete toime, mis on bakterite süsivesikute fermentatsiooni saadused. Lisaks kontrollivad lühikese ahelaga rasvhapped soolestikku vooderdavate rakkude proliferatsiooni ja diferentseerumist, mis aitavad vältida soolestiku limaskesta vigastusi.
Lisaks süsivesikute kääritamisele suurendavad soolestiku mikrofloora toodetud ensüümid ka süsivesikute imendumist. Need ensüümid lagundavad süsivesikuid inimese jaoks kasulikuks energiaks ja toitaineteks. Lisaks paraneb ka vee ja toidust saadavate mineraalide, nagu raud, kaltsium ja magneesium, omastamine, mis on samuti olulised inimkeha metaboolsetes funktsioonides.