Gluteenivaba popkorn on selle populaarse suupiste versioon, mis on valmistatud spetsiaalselt ilma koostisosadeta, mis võib sageli põhjustada kõrvaltoimeid gluteenitalumatusega inimestel. Paljud inimesed järgivad gluteenivaba elustiili meditsiinilise seisundi, mida nimetatakse tsöliaakiaks, tõttu, kuigi seda tüüpi dieeti on sageli lihtne järgida paljude gluteenivabade toitude ja retseptide tõttu. Popkornis olevad maisiterad ei sisalda loomulikult gluteeni, kuigi mõnikord kasutatakse seda maitse- ja säilitusainetena. Mõned õlid, mida kasutatakse tuumade poputamiseks, võivad sisaldada gluteeni, nii et mõned nende õlide uuringud võivad aidata tagada, et popkornipartii on tegelikult gluteenivaba.
Taimeõli ja kookosõli ei sisalda gluteeni ning need on sageli eelistatud valikud gluteenivaba popkorni valmistamiseks. Paljudes eelnevalt poputatud maisi pakendatud versioonides on loetletud kasutatud õli tüüp ja sageli on pakenditel sildid, mis näitavad, et suupiste on gluteenivaba. Tavaliselt on rapsiõlis säilitusaineid, mis sisaldavad gluteeni. Mõned soolad, mida kasutatakse veekeetja popkorni maitsestamiseks, sisaldavad ka gluteenipõhiseid lisandeid, mis takistavad soolaterade kokkukleepumist. Neid koostisosi kasutatakse sageli kinodes müüdava popkorni jaoks, kuigi paljud kinod pakuvad ka gluteenivaba popkorni, mis on valmistatud seda tüüpi sooladest ja õlidest eraldi.
Gluteenivaba popkorni valmistamise üks peamisi võtmeid on ristsaastumise vältimine. Gluteenivaba elustiili jaoks valmistatud popkorni ei saa üldiselt valmistada samas veekeetjas või popcornis, mis on valmistatud gluteeni sisaldavate õlide või sooladega. Isegi kui rapsiõli on veekeetja sisemusest põhjalikult puhastatud, võib see sageli endast maha jätta piisavalt jääke, et riskida popkornipartiiga, mis pole täiesti gluteenivaba. Sama võib mõnikord juhtuda soolade ja muude maitseainetega, mis ei ole gluteenivabad.
Maitsestatud gluteenivaba popkorni saab valmistada ka kodus mitmesuguste retseptide järgi, mis järgivad gluteenivaba dieedi juhiseid. Mõned inimesed eelistavad osta soolata, maitsestamata ja võiga määrimata popkorni tuumasid ning lisada oma gluteenivabu vürtse või maitseaineid. Seda tüüpi popkorn on tavaliselt saadaval mikrolaineahjus kasutatavates kottides või lahtiste tuumade pakendites, mida saab keeta elektrilises popperis. Mõned populaarsed gluteenivabad popkorni maitseained hõlmavad selliseid maitseid nagu sidruniürt, karri ja edela tšilli.